The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | -88 | 13 | 0 | 0 | -72:15:44 | 00:00:58 | 6.86 | 78.21 | 4.94 | 76.47 | 7.27 | 82.95 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -110 | 17 | 0 | 0 | -74:17:18 | 00:01:06 | -2.85 | 80.36 | -3.04 | 76.56 | 0.64 | 91.66 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -146 | 21 | 0 | 0 | -30:31:22 | 00:00:57 | 19.16 | 79.56 | 11.28 | 76.23 | 24.83 | 87.92 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | -85 | 13 | 0 | 0 | -11:17:43 | 00:00:58 | 6.35 | 78.21 | 4.43 | 76.47 | 4.71 | 82.95 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -143 | 20 | 0 | 0 | -01:03:56 | 00:00:58 | 31.03 | 79.61 | 24.94 | 76.02 | 39.23 | 87.92 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -140 | 20 | 0 | 0 | -09:47:10 | 00:00:58 | 6.69 | 79.18 | 3.94 | 76.00 | 16.29 | 87.92 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -145 | 19 | 0 | 0 | -00:02:58 | 00:00:48 | 21.59 | 79.77 | 17.98 | 75.99 | 38.72 | 87.92 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -41 | 10 | 0 | 0 | -11:46:48 | 00:00:44 | 16.85 | 80.57 | 10.98 | 77.92 | 3.79 | 82.95 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 42 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -138 | 21 | 0 | 0 | -37:35:31 | 00:00:58 | 19.88 | 79.56 | 14.58 | 76.23 | 30.05 | 87.92 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -126 | 16 | 0 | 0 | --1:59:15 | 00:01:02 | 32.58 | 79.18 | 28.39 | 75.36 | 60.77 | 91.66 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -136 | 19 | 0 | 0 | -47:09:20 | 00:00:57 | 16.05 | 78.39 | 11.98 | 75.39 | 30.61 | 87.92 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -87 | 17 | 0 | 0 | -02:15:17 | 00:00:49 | 38.60 | 79.22 | 31.21 | 76.07 | 60.51 | 87.92 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -53 | 13 | 0 | 0 | -02:30:51 | 00:00:47 | 40.76 | 76.99 | 33.87 | 73.83 | 61.47 | 87.92 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 11 | 6 | 0 | 0 | -02:54:50 | 00:00:41 | 33.72 | 70.67 | 30.37 | 71.24 | 20.90 | 76.68 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | -1 | 9 | 0 | 0 | -02:46:21 | 00:00:35 | 25.33 | 76.14 | 19.05 | 75.55 | 18.93 | 76.68 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -82 | 16 | 0 | 0 | -02:19:13 | 00:00:40 | 38.89 | 78.57 | 31.56 | 75.70 | 83.84 | 87.48 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -147 | 21 | 0 | 0 | -25:59:00 | 00:00:57 | 19.09 | 79.56 | 12.48 | 76.23 | 26.16 | 87.92 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -141 | 20 | 0 | 0 | -22:18:48 | 00:00:56 | 19.18 | 80.55 | 13.34 | 76.77 | 37.43 | 87.92 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -143 | 20 | 0 | 0 | -24:43:43 | 00:00:52 | -2.53 | 78.92 | -2.84 | 75.78 | 0.28 | 86.94 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -148 | 21 | 0 | 0 | -29:44:28 | 00:00:57 | -1.99 | 79.56 | -2.98 | 76.23 | -0.55 | 87.92 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -118 | 17 | 0 | 0 | -62:48:47 | 00:00:49 | -2.56 | 77.43 | -3.03 | 74.85 | -0.28 | 86.94 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -136 | 20 | 0 | 0 | -03:15:51 | 00:00:58 | 13.34 | 79.61 | 9.88 | 76.02 | 23.08 | 87.92 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -22 | 21 | 0 | 0 | --1:59:56 | 00:00:57 | 0.04 | 79.56 | 0.09 | 76.23 | 0.19 | 87.92 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |