The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | -241 | 64 | 0 | 0 | -67:49:38 | 00:00:33 | 9.69 | 82.84 | 7.14 | 79.27 | 9.39 | 80.80 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | -213 | 60 | 0 | 0 | -13:55:47 | 00:00:34 | 10.63 | 82.39 | 7.76 | 78.88 | 9.69 | 80.26 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -296 | 77 | 0 | 0 | -01:20:17 | 00:00:37 | 28.53 | 82.73 | 22.82 | 78.77 | 24.03 | 82.18 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -291 | 77 | 0 | 0 | -08:12:24 | 00:00:37 | 8.53 | 82.62 | 6.20 | 78.76 | 12.73 | 82.18 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -298 | 76 | 0 | 0 | -00:06:06 | 00:00:32 | 20.42 | 82.82 | 17.43 | 78.80 | 20.11 | 82.18 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -107 | 35 | 0 | 0 | -11:39:33 | 00:00:28 | 17.42 | 81.71 | 12.39 | 78.48 | 16.08 | 77.25 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 78 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -256 | 71 | 0 | 0 | -38:40:05 | 00:00:39 | 19.88 | 84.09 | 15.69 | 79.71 | 18.90 | 84.70 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -242 | 60 | 0 | 0 | -00:00:59 | 00:00:42 | 27.11 | 82.20 | 24.44 | 78.35 | 26.58 | 80.97 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -243 | 68 | 0 | 0 | -52:06:40 | 00:00:39 | 17.77 | 83.89 | 13.63 | 79.60 | 13.69 | 84.22 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -163 | 55 | 0 | 0 | -02:31:53 | 00:00:33 | 31.62 | 82.75 | 25.97 | 78.86 | 32.51 | 78.62 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -114 | 45 | 0 | 0 | -02:56:04 | 00:00:32 | 34.67 | 82.23 | 29.04 | 78.23 | 33.17 | 77.46 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 11 | 17 | 0 | 0 | -03:32:19 | 00:00:30 | 35.98 | 76.98 | 29.73 | 75.15 | 21.07 | 75.27 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | -1 | 21 | 0 | 0 | -03:08:46 | 00:00:28 | 33.01 | 81.79 | 25.09 | 78.82 | 33.42 | 84.25 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -149 | 53 | 0 | 0 | -02:33:39 | 00:00:29 | 31.43 | 82.51 | 25.75 | 78.76 | 29.60 | 78.50 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -229 | 64 | 0 | 0 | -32:01:45 | 00:00:42 | 18.62 | 83.80 | 13.50 | 79.58 | 13.81 | 84.72 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -260 | 71 | 0 | 0 | -28:22:37 | 00:00:38 | 17.09 | 84.56 | 12.90 | 80.02 | 13.31 | 85.02 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -293 | 75 | 0 | 0 | -36:50:07 | 00:00:35 | -1.60 | 82.61 | -1.76 | 78.79 | -1.68 | 82.54 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -297 | 76 | 0 | 0 | -42:12:58 | 00:00:38 | -1.43 | 82.82 | -1.80 | 78.93 | -1.09 | 82.83 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -268 | 70 | 0 | 0 | -62:38:38 | 00:00:32 | -0.23 | 82.74 | -0.68 | 78.99 | -1.44 | 82.54 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -275 | 74 | 0 | 0 | -03:31:50 | 00:00:38 | 13.08 | 82.53 | 10.05 | 78.60 | 14.89 | 81.73 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -38 | 78 | 0 | 0 | --1:59:59 | 00:00:37 | 0.06 | 82.68 | 0.05 | 78.79 | -0.60 | 82.18 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |