The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | -88 | 28 | 0 | 0 | -72:15:44 | 00:00:58 | 6.60 | 82.82 | 4.89 | 79.53 | 6.62 | 83.66 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -110 | 33 | 0 | 0 | -74:17:18 | 00:01:06 | -2.31 | 82.38 | -2.32 | 78.29 | 1.64 | 86.76 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -146 | 42 | 0 | 0 | -30:31:22 | 00:00:57 | 18.83 | 82.54 | 12.50 | 78.55 | 19.61 | 85.92 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | -85 | 28 | 0 | 0 | -11:17:43 | 00:00:58 | 7.52 | 82.82 | 5.52 | 79.53 | 2.12 | 83.66 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -143 | 41 | 0 | 0 | -01:03:56 | 00:00:58 | 24.41 | 82.63 | 19.79 | 78.50 | 20.80 | 85.92 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -140 | 41 | 0 | 0 | -09:47:10 | 00:00:58 | 6.92 | 82.42 | 4.85 | 78.49 | 10.80 | 85.92 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -145 | 40 | 0 | 0 | -00:02:58 | 00:00:48 | 15.46 | 82.79 | 13.54 | 78.55 | 14.72 | 85.92 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -41 | 17 | 0 | 0 | -11:46:48 | 00:00:44 | 13.99 | 81.56 | 9.90 | 78.60 | 9.69 | 85.48 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 42 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -138 | 41 | 0 | 0 | -37:35:31 | 00:00:58 | 14.87 | 82.28 | 12.00 | 78.33 | 8.61 | 85.20 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -126 | 35 | 0 | 0 | --1:59:15 | 00:01:02 | 22.65 | 83.26 | 20.31 | 78.64 | 18.46 | 85.72 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -136 | 39 | 0 | 0 | -47:09:20 | 00:00:57 | 12.28 | 81.86 | 9.65 | 78.06 | 9.05 | 84.90 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -87 | 30 | 0 | 0 | -02:15:17 | 00:00:49 | 27.58 | 81.33 | 22.87 | 77.79 | 29.70 | 84.77 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -53 | 24 | 0 | 0 | -02:30:51 | 00:00:47 | 30.41 | 81.10 | 25.66 | 77.11 | 34.12 | 83.12 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 11 | 10 | 0 | 0 | -02:54:50 | 00:00:41 | 27.77 | 74.22 | 25.04 | 74.03 | 4.98 | 75.25 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | -1 | 14 | 0 | 0 | -02:46:21 | 00:00:35 | 25.43 | 77.84 | 19.46 | 76.66 | 23.44 | 74.11 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -82 | 31 | 0 | 0 | -02:19:13 | 00:00:40 | 27.76 | 81.52 | 22.99 | 78.04 | 28.52 | 85.13 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -147 | 42 | 0 | 0 | -25:59:00 | 00:00:57 | 13.93 | 82.54 | 10.05 | 78.55 | 9.20 | 85.92 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -141 | 41 | 0 | 0 | -22:18:48 | 00:00:56 | 13.77 | 83.09 | 10.39 | 78.87 | 13.44 | 85.92 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -143 | 40 | 0 | 0 | -24:43:43 | 00:00:52 | -2.28 | 82.30 | -2.34 | 78.37 | 0.17 | 85.47 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -148 | 42 | 0 | 0 | -29:44:28 | 00:00:57 | -2.00 | 82.54 | -2.39 | 78.55 | 0.34 | 85.92 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -118 | 35 | 0 | 0 | -62:48:47 | 00:00:49 | -0.86 | 82.50 | -1.26 | 78.73 | 0.77 | 85.47 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -136 | 41 | 0 | 0 | -03:15:51 | 00:00:58 | 9.24 | 82.63 | 7.31 | 78.50 | 8.35 | 85.92 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -22 | 42 | 0 | 0 | --1:59:56 | 00:00:57 | 0.06 | 82.54 | 0.06 | 78.55 | -1.88 | 85.92 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |