The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
| Targets modeled | Oligo-Targets modeled | Avg. Response Time (hh:mm:ss) | Avg. lDDT | Avg. CAD-score | Avg. lDDT-BS | Avg. QS-score | Avg. MM-align | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference |
Server Name
| Targets modeled | Oligo-Targets modeled | Avg. Response Time (hh:mm:ss) | Avg. lDDT | Avg. CAD-score | Avg. lDDT-BS | Avg. QS-score | Avg. MM-align | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 0 | 1 | 0 | 0 | -02:26:12 | 00:00:20 | 66.26 | 87.26 | 48.84 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -9 | 2 | 0 | 0 | -02:25:51 | 00:00:20 | 46.60 | 70.38 | 39.21 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -11 | 2 | 0 | 0 | -02:05:13 | 00:00:20 | 45.05 | 70.38 | 36.72 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -12 | 2 | 0 | 0 | -02:26:30 | 00:00:20 | 45.05 | 70.38 | 36.72 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -12 | 2 | 0 | 0 | -01:05:30 | 00:00:20 | 26.97 | 70.38 | 17.81 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -12 | 2 | 0 | 0 | -00:05:43 | 00:00:19 | 7.63 | 70.38 | 6.94 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -13 | 2 | 0 | 0 | -29:47:09 | 00:00:20 | 5.65 | 70.38 | 5.92 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -13 | 2 | 0 | 0 | -60:08:59 | 00:00:20 | 5.07 | 70.38 | 5.47 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -13 | 2 | 0 | 0 | -43:12:31 | 00:00:20 | 3.59 | 70.38 | 4.18 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -13 | 2 | 0 | 0 | -79:34:44 | 00:00:20 | 2.15 | 70.38 | 3.14 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -11 | 2 | 0 | 0 | -24:06:12 | 00:00:20 | 1.37 | 70.38 | 3.80 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -9 | 2 | 0 | 0 | -34:37:37 | 00:00:20 | 0.30 | 70.38 | 1.22 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -5 | 2 | 0 | 0 | -00:00:08 | 00:00:20 | -0.02 | 70.38 | 0.03 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -13 | 2 | 0 | 0 | -41:13:40 | 00:00:20 | -1.65 | 70.38 | -0.21 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -12 | 2 | 0 | 0 | -02:24:57 | 00:00:20 | -3.78 | 70.38 | -1.57 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -13 | 2 | 0 | 0 | -60:04:47 | 00:00:20 | -17.67 | 70.38 | -13.74 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -13 | 2 | 0 | 0 | -25:01:20 | 00:00:20 | -17.67 | 70.38 | -13.88 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -13 | 2 | 0 | 0 | -48:41:19 | 00:00:20 | -17.74 | 70.38 | -13.76 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -13 | 2 | 0 | 0 | -78:14:41 | 00:00:20 | -18.38 | 70.38 | -14.93 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -13 | 2 | 0 | 0 | -72:30:05 | 00:00:20 | -18.38 | 70.38 | -14.93 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -13 | 2 | 0 | 0 | -06:36:01 | 00:00:20 | -18.52 | 70.38 | -14.76 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -13 | 2 | 0 | 0 | -17:19:24 | 00:00:20 | -18.57 | 70.38 | -14.60 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -13 | 2 | 0 | 0 | -76:23:14 | 00:00:20 | -18.80 | 70.38 | -14.76 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -13 | 2 | 0 | 0 | -26:46:31 | 00:00:20 | -19.01 | 70.38 | -14.92 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -13 | 2 | 0 | 0 | -47:45:42 | 00:00:20 | -19.95 | 70.38 | -15.49 | 68.22 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -10 | 1 | 0 | 0 | -00:00:03 | 00:00:19 | -27.44 | 53.50 | -17.32 | 55.46 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -9 | 1 | 0 | 0 | -78:43:51 | 00:00:19 | -29.33 | 53.50 | -22.36 | 55.46 | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 0 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
Server Name
|
---|
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |