The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -13 | 1 | 0 | 0 | -76:23:14 | 00:00:20 | -2.73 | 87.26 | -3.01 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -13 | 1 | 0 | 0 | -41:13:40 | 00:00:20 | 21.35 | 87.26 | 18.92 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -13 | 1 | 0 | 0 | -48:41:19 | 00:00:20 | -2.37 | 87.26 | -2.44 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -13 | 1 | 0 | 0 | -78:14:41 | 00:00:20 | -2.46 | 87.26 | -3.05 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -9 | 1 | 0 | 0 | -34:37:37 | 00:00:20 | 35.90 | 87.26 | 29.72 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -13 | 1 | 0 | 0 | -72:30:05 | 00:00:20 | -2.46 | 87.26 | -3.05 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -13 | 1 | 0 | 0 | -79:34:44 | 00:00:20 | 14.54 | 87.26 | 17.19 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -13 | 1 | 0 | 0 | -47:45:42 | 00:00:20 | -2.79 | 87.26 | -2.96 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -13 | 1 | 0 | 0 | -26:46:31 | 00:00:20 | -3.03 | 87.26 | -3.14 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -13 | 1 | 0 | 0 | -60:04:47 | 00:00:20 | -1.23 | 87.26 | -1.81 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -13 | 1 | 0 | 0 | -25:01:20 | 00:00:20 | -1.83 | 87.26 | -2.25 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -12 | 1 | 0 | 0 | -01:05:30 | 00:00:20 | 53.27 | 87.26 | 38.31 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -9 | 0 | 0 | 0 | -78:43:51 | 00:00:19 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -12 | 1 | 0 | 0 | -00:05:43 | 00:00:19 | 53.00 | 87.26 | 42.29 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -13 | 1 | 0 | 0 | -43:12:31 | 00:00:20 | 41.16 | 87.26 | 33.29 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -10 | 0 | 0 | 0 | -00:00:03 | 00:00:19 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -13 | 1 | 0 | 0 | -60:08:59 | 00:00:20 | 42.18 | 87.26 | 34.28 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -11 | 1 | 0 | 0 | -02:05:13 | 00:00:20 | 65.16 | 87.26 | 47.35 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -9 | 1 | 0 | 0 | -02:25:51 | 00:00:20 | 64.41 | 87.26 | 47.22 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 0 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 0 | 1 | 0 | 0 | -02:26:12 | 00:00:20 | 66.26 | 87.26 | 48.84 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -12 | 1 | 0 | 0 | -02:26:30 | 00:00:20 | 65.16 | 87.26 | 47.35 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -13 | 1 | 0 | 0 | -29:47:09 | 00:00:20 | 42.56 | 87.26 | 35.33 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -11 | 1 | 0 | 0 | -24:06:12 | 00:00:20 | 33.36 | 87.26 | 30.35 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -13 | 1 | 0 | 0 | -17:19:24 | 00:00:20 | -2.26 | 87.26 | -2.74 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -13 | 1 | 0 | 0 | -06:36:01 | 00:00:20 | -2.25 | 87.26 | -2.86 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -12 | 1 | 0 | 0 | -02:24:57 | 00:00:20 | 31.24 | 87.26 | 27.10 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -5 | 1 | 0 | 0 | -00:00:08 | 00:00:20 | -0.02 | 87.26 | 0.05 | 80.98 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |