The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -46 | 8 | 0 | 0 | -70:53:28 | 00:00:55 | -6.58 | 81.76 | -6.61 | 75.85 | 1.25 | 92.88 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -46 | 8 | 0 | 0 | -28:53:37 | 00:00:55 | 17.17 | 81.76 | 10.23 | 75.85 | 33.56 | 92.88 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -46 | 8 | 0 | 0 | -69:01:11 | 00:00:55 | -1.12 | 81.76 | -3.00 | 75.85 | 8.03 | 92.88 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -46 | 8 | 0 | 0 | -76:42:15 | 00:00:55 | -6.18 | 81.76 | -6.29 | 75.85 | 0.92 | 92.88 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -41 | 8 | 0 | 0 | -23:00:39 | 00:00:55 | -1.18 | 81.76 | -2.46 | 75.85 | 1.02 | 92.88 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -44 | 8 | 0 | 0 | -72:04:44 | 00:00:55 | -6.01 | 81.76 | -6.01 | 75.85 | 3.68 | 92.88 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -31 | 5 | 0 | 0 | -80:44:40 | 00:00:16 | 16.75 | 77.37 | 4.56 | 71.86 | 3.70 | 94.90 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -46 | 8 | 0 | 0 | -68:57:17 | 00:00:55 | -5.29 | 81.76 | -5.98 | 75.85 | 1.23 | 92.88 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -30 | 6 | 0 | 0 | -68:50:34 | 00:01:07 | -7.95 | 80.93 | -8.08 | 75.21 | 2.54 | 92.88 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -45 | 8 | 0 | 0 | -01:02:15 | 00:00:55 | 40.60 | 81.76 | 32.72 | 75.85 | 69.69 | 92.88 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -42 | 7 | 0 | 0 | -07:11:15 | 00:00:58 | 6.98 | 80.98 | 2.86 | 75.11 | 29.82 | 92.88 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -45 | 8 | 0 | 0 | -00:02:53 | 00:00:48 | 31.74 | 81.76 | 26.38 | 75.85 | 69.56 | 92.88 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -5 | 1 | 0 | 0 | -04:33:27 | 00:00:16 | 10.96 | 81.38 | 7.22 | 75.24 | - | - | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -37 | 8 | 0 | 0 | -40:02:26 | 00:00:58 | 26.41 | 81.76 | 18.12 | 75.85 | 51.46 | 92.88 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -38 | 6 | 0 | 0 | --1:59:16 | 00:01:01 | 39.59 | 79.19 | 34.46 | 73.27 | 92.88 | 92.88 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -41 | 6 | 0 | 0 | -47:28:49 | 00:00:54 | 19.19 | 78.78 | 13.14 | 73.05 | 54.93 | 92.88 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -23 | 6 | 0 | 0 | -02:01:33 | 00:01:12 | 51.53 | 80.93 | 41.64 | 75.21 | 92.88 | 92.88 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -15 | 5 | 0 | 0 | -02:32:43 | 00:00:59 | 50.58 | 78.78 | 41.17 | 73.03 | 92.88 | 92.88 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 7 | 1 | 0 | 0 | -01:45:49 | 00:01:21 | 55.27 | 85.16 | 51.05 | 79.80 | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 5 | 2 | 0 | 0 | -03:23:10 | 00:00:40 | 56.75 | 86.21 | 44.11 | 80.39 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -23 | 6 | 0 | 0 | -02:38:16 | 00:01:07 | 51.53 | 80.93 | 41.64 | 75.21 | 92.88 | 92.88 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -46 | 8 | 0 | 0 | -28:12:59 | 00:00:55 | 22.85 | 81.76 | 15.38 | 75.85 | 47.55 | 92.88 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -40 | 8 | 0 | 0 | -24:42:29 | 00:00:55 | 20.97 | 81.76 | 14.49 | 75.85 | 42.42 | 92.88 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -41 | 7 | 0 | 0 | -20:32:19 | 00:00:40 | -7.36 | 80.25 | -7.61 | 74.49 | 0.97 | 94.90 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -46 | 8 | 0 | 0 | -24:56:33 | 00:00:55 | -6.38 | 81.76 | -6.61 | 75.85 | 0.61 | 92.88 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -16 | 4 | 0 | 0 | -61:19:17 | 00:00:16 | -11.85 | 74.90 | -12.16 | 69.58 | 0.88 | 94.90 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -42 | 8 | 0 | 0 | -03:20:12 | 00:00:55 | 18.52 | 81.76 | 12.52 | 75.85 | 44.01 | 92.88 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -8 | 8 | 0 | 0 | --1:59:25 | 00:00:55 | 0.02 | 81.76 | 0.10 | 75.85 | 0.13 | 92.88 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |