The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 38 | 78 | 0 | 0 | -00:00:01 | 00:00:36 | -0.06 | 82.62 | -0.05 | 78.74 | 0.60 | 82.78 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | -203 | 94 | 0 | 0 | -68:46:02 | 00:01:26 | 6.84 | 80.65 | 4.54 | 77.27 | 9.38 | 80.06 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | -175 | 89 | 0 | 0 | -16:30:06 | 00:01:30 | 7.98 | 80.19 | 5.40 | 76.88 | 9.90 | 79.10 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -258 | 115 | 0 | 0 | -01:20:00 | 00:01:14 | 24.09 | 80.47 | 18.98 | 76.66 | 22.87 | 81.15 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -253 | 113 | 0 | 0 | -11:53:10 | 00:01:15 | 6.58 | 80.45 | 4.15 | 76.76 | 11.84 | 81.15 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -260 | 114 | 0 | 0 | -00:05:13 | 00:01:02 | 16.18 | 80.51 | 13.44 | 76.66 | 17.97 | 81.15 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -69 | 48 | 0 | 0 | -11:35:16 | 00:01:38 | 14.67 | 79.13 | 9.83 | 76.43 | 16.06 | 79.80 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 116 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -218 | 106 | 0 | 0 | -39:12:25 | 00:01:19 | 16.05 | 81.09 | 12.17 | 77.06 | 17.02 | 83.02 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -204 | 94 | 0 | 0 | -00:00:21 | 00:00:53 | 23.50 | 80.23 | 20.94 | 76.22 | 24.99 | 80.31 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -205 | 99 | 0 | 0 | -54:23:12 | 00:00:53 | 14.78 | 81.90 | 10.95 | 77.76 | 12.72 | 82.52 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -125 | 81 | 0 | 0 | -02:50:46 | 00:00:27 | 26.65 | 80.93 | 21.78 | 77.03 | 28.83 | 76.95 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -76 | 63 | 0 | 0 | -03:06:38 | 00:00:26 | 29.99 | 79.89 | 25.11 | 76.16 | 29.01 | 74.55 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 49 | 24 | 0 | 0 | -03:40:41 | 00:00:25 | 25.69 | 72.52 | 20.54 | 71.63 | 22.62 | 79.27 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 37 | 30 | 0 | 0 | -03:05:34 | 00:00:23 | 28.10 | 79.19 | 21.02 | 77.01 | 34.13 | 87.79 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -111 | 74 | 0 | 0 | -02:47:09 | 00:00:28 | 27.54 | 80.92 | 22.54 | 77.06 | 24.67 | 77.68 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -191 | 98 | 0 | 0 | -32:14:56 | 00:01:24 | 13.71 | 80.78 | 9.52 | 76.90 | 12.58 | 82.56 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -222 | 105 | 0 | 0 | -28:58:39 | 00:01:19 | 13.39 | 81.50 | 9.71 | 77.41 | 12.11 | 83.28 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -255 | 113 | 0 | 0 | -35:59:19 | 00:01:15 | -4.31 | 80.35 | -4.37 | 76.62 | -1.09 | 81.36 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -259 | 114 | 0 | 0 | -41:21:34 | 00:01:15 | -4.10 | 80.51 | -4.30 | 76.74 | -0.74 | 81.61 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -230 | 103 | 0 | 0 | -62:29:05 | 00:01:20 | -2.83 | 80.49 | -2.97 | 76.97 | -0.75 | 81.36 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -237 | 109 | 0 | 0 | -03:45:29 | 00:01:17 | 10.02 | 80.71 | 7.20 | 76.74 | 15.27 | 80.77 | - | - | - | - | server999 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |