The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 22 | 42 | 0 | 0 | -00:00:04 | 00:00:53 | -0.06 | 82.48 | -0.06 | 78.48 | 1.88 | 87.80 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | -66 | 42 | 0 | 0 | -74:21:01 | 00:02:53 | 5.10 | 82.71 | 3.28 | 78.83 | 8.06 | 86.85 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -88 | 53 | 0 | 0 | -74:58:18 | 00:02:15 | -4.35 | 81.14 | -4.67 | 76.70 | 2.30 | 87.97 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -124 | 64 | 0 | 0 | -32:29:09 | 00:02:00 | 18.05 | 81.64 | 11.54 | 77.23 | 21.48 | 87.36 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | -63 | 42 | 0 | 0 | -17:20:00 | 00:02:53 | 7.31 | 82.71 | 5.27 | 78.83 | 6.75 | 86.85 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -121 | 63 | 0 | 0 | -01:10:59 | 00:02:02 | 20.88 | 81.69 | 16.71 | 77.20 | 22.57 | 87.36 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -118 | 61 | 0 | 0 | -15:22:37 | 00:02:05 | 6.09 | 81.70 | 3.65 | 77.40 | 10.63 | 87.36 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -123 | 62 | 0 | 0 | -00:02:24 | 00:01:40 | 12.75 | 81.77 | 10.52 | 77.21 | 14.20 | 87.36 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -19 | 23 | 0 | 0 | -11:54:04 | 00:03:07 | 11.75 | 78.52 | 7.40 | 75.56 | 9.67 | 85.46 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 64 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -116 | 62 | 0 | 0 | -38:57:38 | 00:02:03 | 13.03 | 81.39 | 10.05 | 77.02 | 10.09 | 87.02 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -104 | 55 | 0 | 0 | --1:59:02 | 00:01:20 | 20.48 | 82.30 | 18.04 | 77.41 | 20.92 | 87.53 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -114 | 58 | 0 | 0 | -50:37:34 | 00:01:19 | 10.52 | 81.02 | 7.89 | 76.71 | 10.45 | 86.85 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -65 | 44 | 0 | 0 | -02:40:34 | 00:00:36 | 23.04 | 80.68 | 18.89 | 76.69 | 30.20 | 86.68 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -31 | 35 | 0 | 0 | -02:59:10 | 00:00:33 | 25.07 | 80.60 | 21.16 | 76.48 | 29.57 | 85.71 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 33 | 14 | 0 | 0 | -03:23:46 | 00:00:32 | 23.48 | 76.78 | 20.69 | 74.88 | 13.28 | 85.66 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 21 | 19 | 0 | 0 | -02:54:49 | 00:00:28 | 24.21 | 79.37 | 18.73 | 77.24 | 27.93 | 85.01 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -60 | 45 | 0 | 0 | -02:42:54 | 00:00:35 | 22.41 | 80.86 | 18.51 | 76.81 | 24.35 | 87.40 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -125 | 64 | 0 | 0 | -27:48:17 | 00:02:00 | 11.32 | 81.64 | 7.94 | 77.23 | 9.24 | 87.36 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -119 | 61 | 0 | 0 | -23:36:17 | 00:02:04 | 11.75 | 82.10 | 8.58 | 77.61 | 12.36 | 87.36 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -121 | 62 | 0 | 0 | -25:25:21 | 00:02:04 | -3.92 | 81.46 | -4.24 | 77.08 | 0.86 | 87.14 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -126 | 64 | 0 | 0 | -29:37:25 | 00:02:00 | -3.67 | 81.64 | -4.15 | 77.23 | 0.74 | 87.36 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -96 | 52 | 0 | 0 | -62:57:30 | 00:02:24 | -2.22 | 81.95 | -2.64 | 77.85 | 1.25 | 87.14 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -114 | 62 | 0 | 0 | -03:44:39 | 00:02:04 | 8.10 | 81.77 | 5.82 | 77.32 | 13.43 | 87.36 | - | - | - | - | server999 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |