The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 8 | 14 | 0 | 0 | -00:00:35 | 00:00:20 | -0.03 | 81.95 | -0.06 | 76.52 | -0.53 | 88.56 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 22 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -38 | 22 | 0 | 0 | -73:17:05 | 00:00:20 | -8.92 | 79.60 | -8.86 | 74.19 | -0.30 | 88.56 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -38 | 22 | 0 | 0 | -31:17:07 | 00:00:20 | 14.33 | 79.60 | 8.55 | 74.19 | 23.29 | 88.56 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -38 | 22 | 0 | 0 | -65:07:22 | 00:00:20 | -5.54 | 79.60 | -6.47 | 74.19 | 6.91 | 88.56 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -38 | 22 | 0 | 0 | -76:59:09 | 00:00:20 | -9.14 | 79.60 | -9.23 | 74.19 | -0.77 | 88.56 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -33 | 20 | 0 | 0 | -28:19:26 | 00:00:20 | -4.67 | 80.07 | -4.94 | 74.72 | -0.17 | 88.56 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 22 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -36 | 22 | 0 | 0 | -72:13:42 | 00:00:20 | -8.93 | 79.60 | -8.99 | 74.19 | 2.50 | 88.56 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -23 | 17 | 0 | 0 | -80:31:00 | 00:00:21 | 14.27 | 77.24 | 4.59 | 72.09 | 22.57 | 88.00 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -38 | 22 | 0 | 0 | -64:44:16 | 00:00:20 | -8.79 | 79.60 | -9.17 | 74.19 | 0.05 | 88.56 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -22 | 18 | 0 | 0 | -58:10:04 | 00:00:21 | -10.53 | 78.08 | -10.50 | 72.99 | 1.40 | 90.21 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -37 | 22 | 0 | 0 | -01:06:19 | 00:00:20 | 19.71 | 79.60 | 15.02 | 74.19 | 35.03 | 88.56 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -34 | 19 | 0 | 0 | -11:54:03 | 00:00:19 | 2.90 | 79.46 | 0.14 | 74.23 | 20.16 | 88.56 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -37 | 22 | 0 | 0 | -00:03:34 | 00:00:19 | 11.15 | 79.60 | 8.57 | 74.19 | 25.51 | 88.56 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 3 | 3 | 0 | 0 | -03:04:41 | 00:00:18 | 3.82 | 69.25 | -0.61 | 66.29 | - | - | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 22 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -29 | 20 | 0 | 0 | -41:47:01 | 00:00:20 | 11.87 | 78.63 | 7.73 | 73.21 | 22.50 | 87.50 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -30 | 19 | 0 | 0 | -00:00:02 | 00:00:18 | 16.15 | 78.89 | 14.23 | 73.53 | 35.26 | 88.56 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -33 | 19 | 0 | 0 | -54:44:02 | 00:00:19 | 5.72 | 78.12 | 3.40 | 72.81 | 19.83 | 88.56 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -15 | 16 | 0 | 0 | -02:54:56 | 00:00:21 | 25.64 | 77.26 | 21.34 | 72.29 | 59.63 | 89.36 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -7 | 12 | 0 | 0 | -03:06:48 | 00:00:20 | 29.51 | 75.61 | 24.92 | 70.86 | 59.67 | 89.36 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 15 | 3 | 0 | 0 | -03:57:44 | 00:00:17 | 24.72 | 82.40 | 21.65 | 76.48 | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 4 | 0 | 0 | -03:37:44 | 00:00:25 | 48.63 | 87.77 | 37.61 | 82.06 | 57.89 | 92.77 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -15 | 17 | 0 | 0 | -03:03:10 | 00:00:21 | 24.56 | 78.18 | 20.53 | 73.19 | 44.64 | 90.21 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -38 | 22 | 0 | 0 | -30:44:29 | 00:00:20 | 8.41 | 79.60 | 5.13 | 74.19 | 16.98 | 88.56 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -32 | 20 | 0 | 0 | -26:26:31 | 00:00:20 | 9.36 | 79.71 | 6.46 | 74.45 | 14.92 | 88.56 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -33 | 20 | 0 | 0 | -15:37:08 | 00:00:20 | -10.02 | 78.84 | -10.18 | 73.41 | -0.97 | 88.00 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -38 | 22 | 0 | 0 | -20:42:38 | 00:00:20 | -8.83 | 79.60 | -8.90 | 74.19 | 0.34 | 88.56 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -8 | 10 | 0 | 0 | -61:35:22 | 00:00:21 | -8.23 | 78.76 | -8.57 | 73.73 | -0.96 | 88.00 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -34 | 21 | 0 | 0 | -03:48:26 | 00:00:20 | 6.00 | 79.76 | 2.87 | 74.40 | 15.48 | 88.56 | - | - | - | - | server999 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |