The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 242 | 28 | 0 | 0 | --1:59:01 | 00:01:41 | -32.95 | 47.94 | -29.47 | 47.93 | -35.65 | 48.43 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 1 | 151 | 0 | 0 | -66:30:17 | 00:00:44 | -23.46 | 51.26 | -21.71 | 50.94 | -14.48 | 51.76 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 29 | 139 | 0 | 0 | -14:32:32 | 00:00:45 | -20.12 | 51.47 | -19.39 | 51.07 | -11.21 | 50.11 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -54 | 170 | 0 | 0 | -01:43:44 | 00:00:40 | -3.41 | 49.48 | -5.81 | 49.27 | -3.65 | 49.20 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -49 | 169 | 0 | 0 | -09:50:49 | 00:00:41 | -23.99 | 49.29 | -22.48 | 49.11 | -14.78 | 49.37 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -56 | 174 | 0 | 0 | -00:05:46 | 00:00:37 | -12.24 | 49.40 | -11.91 | 49.18 | -7.02 | 49.85 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 135 | 84 | 0 | 0 | -11:41:35 | 00:00:57 | -12.37 | 51.43 | -13.12 | 51.05 | -4.01 | 55.05 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 320 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -14 | 152 | 0 | 0 | -41:33:58 | 00:00:42 | -13.10 | 49.04 | -12.87 | 48.79 | -8.35 | 49.13 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -1 | 149 | 0 | 0 | -54:41:09 | 00:00:41 | -15.10 | 48.56 | -14.92 | 48.36 | -11.55 | 50.34 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 79 | 110 | 0 | 0 | -03:04:23 | 00:00:45 | -1.09 | 46.95 | -3.52 | 47.17 | 2.89 | 49.21 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 128 | 95 | 0 | 0 | -03:10:07 | 00:00:51 | 1.44 | 46.60 | -1.31 | 46.85 | 3.61 | 46.87 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 253 | 29 | 0 | 0 | -03:23:49 | 00:00:17 | -0.76 | 44.27 | -2.07 | 46.12 | 2.26 | 50.77 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 241 | 31 | 0 | 0 | -03:19:44 | 00:00:19 | -9.23 | 43.58 | -9.49 | 45.39 | -7.61 | 53.63 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 93 | 105 | 0 | 0 | -03:04:44 | 00:00:46 | -0.94 | 47.83 | -3.36 | 47.90 | 3.18 | 48.98 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 13 | 140 | 0 | 0 | -35:03:31 | 00:00:25 | -15.36 | 49.64 | -15.19 | 49.19 | -13.81 | 47.40 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -18 | 155 | 0 | 0 | -31:05:24 | 00:00:41 | -16.06 | 49.17 | -15.63 | 48.90 | -14.09 | 48.84 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -51 | 171 | 0 | 0 | -38:29:30 | 00:00:41 | -35.36 | 49.67 | -31.31 | 49.45 | -27.17 | 50.62 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -55 | 172 | 0 | 0 | -42:18:36 | 00:00:40 | -35.60 | 49.29 | -31.56 | 49.11 | -27.63 | 50.58 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -26 | 162 | 0 | 0 | -62:21:39 | 00:00:42 | -32.73 | 51.40 | -28.94 | 51.06 | -24.87 | 52.41 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -33 | 161 | 0 | 0 | -04:17:02 | 00:00:40 | -18.40 | 49.73 | -17.76 | 49.50 | -12.74 | 50.28 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 204 | 48 | 0 | 0 | --1:59:39 | 00:01:14 | -28.18 | 49.86 | -24.82 | 49.73 | -28.88 | 52.09 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |