The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 38 | 12 | 0 | 0 | -00:00:44 | 00:00:17 | -23.68 | 57.05 | -21.56 | 53.86 | -35.79 | 53.30 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 52 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -8 | 52 | 0 | 0 | -72:03:16 | 00:00:19 | -32.47 | 54.67 | -29.30 | 53.03 | -28.07 | 57.76 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -8 | 52 | 0 | 0 | -31:51:24 | 00:00:19 | -6.75 | 54.67 | -10.08 | 53.03 | 1.05 | 57.76 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -8 | 52 | 0 | 0 | -67:17:10 | 00:00:19 | -27.40 | 54.67 | -25.41 | 53.03 | -20.11 | 57.76 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -8 | 52 | 0 | 0 | -76:52:44 | 00:00:19 | -32.08 | 54.67 | -29.43 | 53.03 | -27.20 | 57.76 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -3 | 48 | 0 | 0 | -26:54:22 | 00:00:18 | -29.72 | 55.06 | -26.95 | 53.34 | -29.76 | 58.99 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 52 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -6 | 50 | 0 | 0 | -71:30:02 | 00:00:19 | -29.99 | 56.57 | -27.27 | 54.78 | -21.94 | 61.16 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 7 | 37 | 0 | 0 | -80:42:56 | 00:00:20 | 2.04 | 58.09 | -6.86 | 56.48 | 9.95 | 62.41 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -8 | 52 | 0 | 0 | -66:55:02 | 00:00:19 | -31.67 | 54.67 | -29.13 | 53.03 | -22.59 | 57.76 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 8 | 39 | 0 | 0 | -62:30:43 | 00:00:19 | -33.81 | 52.14 | -31.04 | 50.87 | -30.63 | 49.93 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -7 | 51 | 0 | 0 | -01:31:29 | 00:00:19 | -2.32 | 55.47 | -4.56 | 53.65 | 0.11 | 57.76 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -4 | 49 | 0 | 0 | -10:33:22 | 00:00:18 | -21.61 | 54.02 | -20.87 | 52.34 | -6.30 | 60.94 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -7 | 51 | 0 | 0 | -00:05:29 | 00:00:20 | -12.11 | 55.22 | -11.86 | 53.48 | -4.57 | 57.76 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 33 | 15 | 0 | 0 | -07:14:19 | 00:00:17 | -8.79 | 59.46 | -10.39 | 58.00 | 4.28 | 83.94 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 52 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 1 | 43 | 0 | 0 | -42:57:51 | 00:00:18 | -13.62 | 52.47 | -13.66 | 51.26 | -9.74 | 55.38 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -3 | 48 | 0 | 0 | -51:07:36 | 00:00:19 | -15.19 | 53.29 | -15.51 | 51.87 | -9.26 | 57.76 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 15 | 32 | 0 | 0 | -03:01:29 | 00:00:17 | -2.07 | 48.66 | -4.49 | 48.02 | -1.82 | 38.90 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 23 | 25 | 0 | 0 | -03:00:07 | 00:00:17 | 3.77 | 45.57 | -0.08 | 45.17 | 2.54 | 38.17 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 45 | 6 | 0 | 0 | -03:39:27 | 00:00:18 | -2.72 | 38.80 | -3.90 | 41.84 | 16.00 | 98.50 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 43 | 7 | 0 | 0 | -03:41:45 | 00:00:18 | -4.02 | 42.72 | -4.34 | 45.16 | 54.82 | 89.70 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 15 | 32 | 0 | 0 | -03:02:32 | 00:00:18 | 0.74 | 49.34 | -2.07 | 48.54 | 2.03 | 45.33 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -8 | 52 | 0 | 0 | -31:01:54 | 00:00:19 | -15.44 | 54.67 | -15.27 | 53.03 | -12.25 | 57.76 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -2 | 46 | 0 | 0 | -27:31:17 | 00:00:18 | -17.37 | 52.24 | -16.64 | 50.90 | -16.76 | 52.84 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -3 | 47 | 0 | 0 | -16:08:49 | 00:00:19 | -31.86 | 54.98 | -29.04 | 53.33 | -25.46 | 58.83 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -8 | 52 | 0 | 0 | -23:18:59 | 00:00:19 | -31.69 | 54.67 | -29.03 | 53.03 | -23.86 | 57.76 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 22 | 25 | 0 | 0 | -60:29:33 | 00:00:20 | -25.47 | 61.86 | -23.37 | 59.30 | -12.32 | 74.40 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -4 | 48 | 0 | 0 | -04:18:14 | 00:00:19 | -18.86 | 54.68 | -18.21 | 53.01 | -16.32 | 56.68 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 30 | 19 | 0 | 0 | --1:59:58 | 00:00:20 | -16.15 | 62.74 | -14.23 | 59.30 | -35.26 | 53.30 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |