The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 38 | 6 | 0 | 0 | -00:00:44 | 00:00:17 | -39.59 | 39.60 | -34.46 | 38.82 | -92.88 | 0.00 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 52 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -8 | 23 | 0 | 0 | -72:03:16 | 00:00:19 | -48.11 | 37.14 | -43.19 | 37.66 | -52.89 | 35.27 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -8 | 23 | 0 | 0 | -31:51:24 | 00:00:19 | -18.21 | 37.14 | -21.34 | 37.66 | -14.80 | 35.27 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -8 | 23 | 0 | 0 | -67:17:10 | 00:00:19 | -41.41 | 37.14 | -38.15 | 37.66 | -47.60 | 35.27 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -8 | 23 | 0 | 0 | -76:52:44 | 00:00:19 | -47.70 | 37.14 | -43.21 | 37.66 | -53.99 | 35.27 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -3 | 22 | 0 | 0 | -26:54:22 | 00:00:18 | -44.77 | 38.18 | -40.38 | 38.68 | -60.47 | 32.02 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 52 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -6 | 21 | 0 | 0 | -71:30:02 | 00:00:19 | -44.22 | 40.00 | -39.73 | 40.37 | -47.10 | 40.31 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 7 | 16 | 0 | 0 | -80:42:56 | 00:00:20 | -4.34 | 46.69 | -15.00 | 46.51 | -20.32 | 41.81 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -8 | 23 | 0 | 0 | -66:55:02 | 00:00:19 | -48.02 | 37.14 | -43.26 | 37.66 | -51.21 | 35.27 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 8 | 15 | 0 | 0 | -62:30:43 | 00:00:19 | -56.92 | 28.67 | -51.54 | 29.94 | -60.77 | 27.22 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -7 | 22 | 0 | 0 | -01:31:29 | 00:00:19 | -2.59 | 38.21 | -5.28 | 38.40 | -2.49 | 35.27 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -4 | 23 | 0 | 0 | -10:33:22 | 00:00:18 | -34.03 | 37.14 | -32.59 | 37.66 | -26.41 | 35.27 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -7 | 23 | 0 | 0 | -00:05:29 | 00:00:20 | -15.80 | 37.14 | -15.57 | 37.66 | -8.71 | 35.27 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 33 | 9 | 0 | 0 | -07:14:19 | 00:00:17 | -2.17 | 58.28 | -4.89 | 57.18 | 8.41 | 91.63 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 52 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 1 | 19 | 0 | 0 | -42:57:51 | 00:00:18 | -19.94 | 35.49 | -20.70 | 36.17 | -22.32 | 30.61 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -3 | 21 | 0 | 0 | -51:07:36 | 00:00:19 | -21.59 | 35.38 | -22.48 | 36.06 | -18.84 | 35.27 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 15 | 14 | 0 | 0 | -03:01:29 | 00:00:17 | -3.37 | 29.70 | -7.36 | 30.85 | -2.10 | 28.82 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 23 | 14 | 0 | 0 | -03:00:07 | 00:00:17 | -0.96 | 29.70 | -5.57 | 30.85 | -0.59 | 28.82 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 45 | 4 | 0 | 0 | -03:39:27 | 00:00:18 | -3.34 | 27.92 | -5.36 | 30.60 | 16.00 | 98.50 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 43 | 3 | 0 | 0 | -03:41:45 | 00:00:18 | -13.79 | 25.94 | -13.99 | 27.97 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 15 | 15 | 0 | 0 | -03:02:32 | 00:00:18 | -4.35 | 28.67 | -8.51 | 29.94 | -3.27 | 27.22 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -8 | 23 | 0 | 0 | -31:01:54 | 00:00:19 | -22.49 | 37.14 | -22.65 | 37.66 | -25.48 | 35.27 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -2 | 22 | 0 | 0 | -27:31:17 | 00:00:18 | -23.49 | 37.29 | -23.02 | 37.63 | -30.36 | 26.24 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -3 | 21 | 0 | 0 | -16:08:49 | 00:00:19 | -45.76 | 39.00 | -41.42 | 39.20 | -57.46 | 30.61 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -8 | 23 | 0 | 0 | -23:18:59 | 00:00:19 | -47.94 | 37.14 | -43.22 | 37.66 | -53.18 | 35.27 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 22 | 12 | 0 | 0 | -60:29:33 | 00:00:20 | -28.25 | 54.42 | -25.96 | 53.26 | -49.84 | 45.81 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -4 | 21 | 0 | 0 | -04:18:14 | 00:00:19 | -24.80 | 37.67 | -25.26 | 37.99 | -26.12 | 35.27 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 30 | 8 | 0 | 0 | --1:59:58 | 00:00:20 | -32.46 | 42.71 | -28.24 | 42.11 | -92.75 | 0.00 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |