The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 126 | 35 | 0 | 0 | -00:00:45 | 00:00:17 | -22.65 | 60.61 | -20.31 | 58.33 | -18.46 | 67.26 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 38 | 116 | 0 | 0 | -72:48:14 | 00:00:24 | -18.32 | 60.55 | -17.41 | 58.16 | -14.28 | 61.88 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 16 | 135 | 0 | 0 | -74:27:51 | 00:00:21 | -28.96 | 57.87 | -26.20 | 55.82 | -24.32 | 58.33 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -20 | 167 | 0 | 0 | -32:20:07 | 00:00:22 | -2.32 | 58.58 | -6.79 | 56.44 | 1.24 | 60.49 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 41 | 113 | 0 | 0 | -15:30:19 | 00:00:24 | -14.23 | 60.78 | -14.34 | 58.39 | -10.52 | 61.40 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -17 | 164 | 0 | 0 | -01:37:00 | 00:00:22 | -1.42 | 59.04 | -3.58 | 56.84 | -1.52 | 60.31 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -14 | 161 | 0 | 0 | -13:26:29 | 00:00:22 | -17.23 | 58.54 | -16.80 | 56.41 | -9.11 | 61.27 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -19 | 167 | 0 | 0 | -00:04:58 | 00:00:23 | -10.21 | 58.92 | -10.20 | 56.73 | -7.06 | 60.68 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 85 | 71 | 0 | 0 | -10:25:40 | 00:00:20 | -9.57 | 60.69 | -10.42 | 58.51 | -2.54 | 65.64 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 168 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -12 | 158 | 0 | 0 | -42:13:35 | 00:00:23 | -10.36 | 58.32 | -10.17 | 56.22 | -9.34 | 60.31 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -10 | 159 | 0 | 0 | -52:54:51 | 00:00:22 | -11.95 | 58.19 | -12.08 | 56.08 | -10.00 | 60.48 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 39 | 114 | 0 | 0 | -02:58:09 | 00:00:20 | -0.17 | 57.63 | -2.24 | 55.69 | 3.70 | 59.60 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 73 | 88 | 0 | 0 | -02:59:48 | 00:00:21 | 3.40 | 56.31 | 0.66 | 54.62 | 6.94 | 54.50 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 137 | 26 | 0 | 0 | -03:20:53 | 00:00:17 | 3.27 | 58.01 | 1.47 | 56.99 | 2.81 | 67.18 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 125 | 32 | 0 | 0 | -03:17:45 | 00:00:17 | -4.06 | 57.57 | -4.48 | 56.78 | 2.78 | 70.31 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 44 | 110 | 0 | 0 | -02:57:41 | 00:00:20 | 0.38 | 58.95 | -1.62 | 56.80 | 4.98 | 61.54 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -21 | 167 | 0 | 0 | -30:24:27 | 00:00:23 | -12.11 | 58.69 | -12.28 | 56.51 | -11.39 | 60.68 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -15 | 161 | 0 | 0 | -26:23:35 | 00:00:22 | -12.52 | 58.30 | -12.75 | 56.19 | -12.77 | 59.58 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -17 | 163 | 0 | 0 | -27:25:20 | 00:00:23 | -27.95 | 58.94 | -25.27 | 56.77 | -22.95 | 61.06 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -22 | 168 | 0 | 0 | -31:02:51 | 00:00:22 | -27.67 | 58.73 | -25.17 | 56.57 | -22.28 | 60.68 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 8 | 141 | 0 | 0 | -63:02:37 | 00:00:23 | -25.53 | 60.78 | -23.06 | 58.37 | -19.80 | 64.00 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -10 | 158 | 0 | 0 | -04:11:07 | 00:00:22 | -15.51 | 58.98 | -15.05 | 56.81 | -14.74 | 61.52 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 104 | 55 | 0 | 0 | -00:00:58 | 00:00:22 | -20.48 | 61.82 | -18.04 | 59.37 | -20.92 | 66.61 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |