The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 126 | 16 | 0 | 0 | -00:00:45 | 00:00:17 | -32.58 | 46.60 | -28.39 | 46.97 | -60.77 | 30.90 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 38 | 71 | 0 | 0 | -72:48:14 | 00:00:24 | -25.30 | 52.44 | -23.27 | 51.55 | -21.52 | 54.65 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 16 | 74 | 0 | 0 | -74:27:51 | 00:00:21 | -37.55 | 47.29 | -33.60 | 46.97 | -37.15 | 44.64 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -20 | 94 | 0 | 0 | -32:20:07 | 00:00:22 | -8.29 | 48.69 | -12.84 | 48.16 | -5.81 | 50.34 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 41 | 68 | 0 | 0 | -15:30:19 | 00:00:24 | -19.30 | 52.46 | -18.95 | 51.64 | -14.53 | 53.62 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -17 | 90 | 0 | 0 | -01:37:00 | 00:00:22 | -2.51 | 48.82 | -4.99 | 48.27 | -2.95 | 49.08 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -14 | 91 | 0 | 0 | -13:26:29 | 00:00:22 | -24.23 | 48.59 | -23.15 | 48.11 | -17.66 | 49.43 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -19 | 94 | 0 | 0 | -00:04:58 | 00:00:23 | -12.40 | 48.69 | -12.32 | 48.16 | -9.28 | 50.34 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 85 | 41 | 0 | 0 | -10:25:40 | 00:00:20 | -10.01 | 54.39 | -11.06 | 53.68 | -3.56 | 56.32 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 168 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -12 | 89 | 0 | 0 | -42:13:35 | 00:00:23 | -13.68 | 48.67 | -13.56 | 48.09 | -11.44 | 50.41 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -10 | 89 | 0 | 0 | -52:54:51 | 00:00:22 | -15.43 | 48.36 | -15.41 | 47.78 | -14.22 | 49.37 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 39 | 64 | 0 | 0 | -02:58:09 | 00:00:20 | 0.89 | 47.59 | -2.11 | 47.31 | 4.50 | 53.63 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 73 | 53 | 0 | 0 | -02:59:48 | 00:00:21 | 2.58 | 46.52 | -0.46 | 46.29 | 5.86 | 50.15 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 137 | 15 | 0 | 0 | -03:20:53 | 00:00:17 | 2.43 | 45.78 | 0.58 | 46.56 | 3.50 | 55.52 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 125 | 17 | 0 | 0 | -03:17:45 | 00:00:17 | -8.92 | 44.43 | -9.14 | 45.65 | -11.03 | 50.18 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 44 | 58 | 0 | 0 | -02:57:41 | 00:00:20 | 0.05 | 47.91 | -2.74 | 47.52 | 5.12 | 50.87 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -21 | 93 | 0 | 0 | -30:24:27 | 00:00:23 | -16.01 | 48.51 | -15.98 | 47.94 | -16.26 | 50.34 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -15 | 92 | 0 | 0 | -26:23:35 | 00:00:22 | -16.13 | 48.94 | -16.09 | 48.34 | -16.79 | 48.97 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -17 | 92 | 0 | 0 | -27:25:20 | 00:00:23 | -35.21 | 49.37 | -31.58 | 48.73 | -33.05 | 50.41 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -22 | 94 | 0 | 0 | -31:02:51 | 00:00:22 | -35.82 | 48.69 | -32.10 | 48.16 | -33.45 | 50.34 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 8 | 83 | 0 | 0 | -63:02:37 | 00:00:23 | -31.29 | 52.72 | -28.01 | 51.80 | -28.95 | 54.06 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -10 | 89 | 0 | 0 | -04:11:07 | 00:00:22 | -18.44 | 49.79 | -18.14 | 49.09 | -18.57 | 51.36 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 104 | 28 | 0 | 0 | -00:00:58 | 00:00:22 | -29.22 | 49.63 | -25.44 | 49.57 | -39.72 | 48.02 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |