The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 298 | 76 | 101 | 0 | --1:53:54 | 00:06:38 | -20.42 | 62.40 | -17.43 | 61.37 | -20.11 | 62.07 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 57 | 317 | 101 | 0 | -67:48:36 | 00:06:13 | -10.02 | 64.37 | -9.25 | 63.15 | -5.56 | 62.90 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 85 | 289 | 101 | 0 | -14:55:55 | 00:05:33 | -8.57 | 64.01 | -8.31 | 62.92 | -4.48 | 61.28 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 2 | 372 | 101 | 0 | -01:38:09 | 00:06:06 | 7.98 | 64.46 | 5.73 | 63.20 | 4.00 | 62.59 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 7 | 366 | 101 | 0 | -11:15:21 | 00:06:07 | -9.47 | 64.39 | -8.89 | 63.14 | -3.13 | 63.19 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 191 | 183 | 101 | 0 | -12:01:18 | 00:06:17 | -2.13 | 64.96 | -3.17 | 63.64 | -0.08 | 64.04 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 376 | 0 | 101 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 42 | 331 | 101 | 0 | -41:45:37 | 00:06:17 | -0.53 | 64.75 | -1.04 | 63.49 | -0.93 | 63.31 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 56 | 319 | 101 | 0 | --1:54:14 | 00:06:23 | 9.91 | 66.86 | 9.87 | 65.16 | 6.03 | 61.62 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 55 | 318 | 101 | 0 | -55:36:09 | 00:06:04 | -2.15 | 64.75 | -2.70 | 63.50 | -2.50 | 63.64 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 135 | 239 | 101 | 0 | -02:57:47 | 00:05:40 | 8.63 | 63.00 | 6.25 | 62.06 | 8.27 | 58.28 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 184 | 191 | 101 | 0 | -03:01:59 | 00:04:54 | 11.53 | 61.20 | 8.84 | 60.66 | 9.53 | 55.48 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 309 | 67 | 101 | 0 | -03:16:08 | 00:02:52 | 11.00 | 57.44 | 8.12 | 58.34 | 4.42 | 60.64 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 297 | 77 | 101 | 0 | -03:21:36 | 00:02:41 | 6.79 | 58.24 | 3.81 | 58.48 | 9.06 | 67.64 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 149 | 225 | 101 | 0 | -02:57:34 | 00:05:37 | 8.82 | 62.25 | 6.29 | 61.52 | 8.50 | 58.81 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 69 | 304 | 101 | 0 | -34:28:34 | 00:05:38 | -2.94 | 64.45 | -3.54 | 63.28 | -3.54 | 63.40 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 38 | 335 | 101 | 0 | -31:16:53 | 00:06:11 | -3.73 | 64.47 | -3.98 | 63.24 | -4.84 | 63.24 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 5 | 368 | 101 | 0 | -37:35:52 | 00:06:04 | -21.76 | 64.48 | -18.43 | 63.23 | -16.35 | 63.69 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 1 | 372 | 101 | 0 | -42:35:23 | 00:06:05 | -21.37 | 64.52 | -18.22 | 63.25 | -15.88 | 63.78 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 30 | 344 | 101 | 0 | -62:28:09 | 00:06:02 | -20.20 | 64.79 | -17.10 | 63.47 | -14.57 | 64.85 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 23 | 351 | 101 | 0 | -04:17:45 | 00:05:43 | -7.21 | 64.32 | -6.78 | 63.04 | -5.69 | 63.36 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 260 | 114 | 101 | 0 | --1:54:47 | 00:06:15 | -16.18 | 64.33 | -13.44 | 63.22 | -17.97 | 63.18 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |