The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 145 | 40 | 52 | 0 | --1:57:02 | 00:03:46 | -15.46 | 67.32 | -13.54 | 65.01 | -14.72 | 71.20 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 57 | 128 | 52 | 0 | -72:37:27 | 00:04:55 | -10.40 | 68.24 | -9.25 | 66.23 | -8.14 | 68.01 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 35 | 150 | 52 | 0 | -74:28:19 | 00:04:46 | -20.50 | 65.91 | -17.52 | 64.30 | -18.64 | 64.35 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 185 | 52 | 0 | -31:58:10 | 00:05:08 | 7.11 | 67.00 | 2.57 | 65.20 | 7.88 | 66.69 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 60 | 125 | 52 | 0 | -15:59:36 | 00:04:50 | -5.73 | 68.44 | -5.70 | 66.46 | -3.71 | 67.75 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 2 | 183 | 52 | 0 | -01:28:32 | 00:05:06 | 8.70 | 67.27 | 6.50 | 65.39 | 5.30 | 66.08 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 5 | 179 | 52 | 0 | -14:39:29 | 00:05:06 | -7.53 | 67.10 | -7.27 | 65.27 | -2.14 | 67.29 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 104 | 81 | 52 | 0 | -10:48:49 | 00:04:37 | -0.05 | 68.47 | -1.50 | 66.56 | 2.65 | 70.12 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 187 | 0 | 52 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 7 | 177 | 52 | 0 | -41:57:05 | 00:05:04 | -0.13 | 66.84 | -0.40 | 65.04 | -1.73 | 66.19 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 19 | 167 | 52 | 0 | --1:55:02 | 00:05:21 | 10.21 | 69.13 | 10.20 | 66.94 | 7.06 | 67.74 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 9 | 175 | 52 | 0 | -53:14:27 | 00:05:03 | -1.55 | 67.07 | -1.99 | 65.24 | -2.37 | 66.25 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 58 | 127 | 52 | 0 | -02:52:12 | 00:04:49 | 10.58 | 66.21 | 7.91 | 64.51 | 10.99 | 63.23 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 92 | 94 | 52 | 0 | -02:51:04 | 00:04:24 | 13.40 | 65.06 | 10.43 | 63.73 | 14.75 | 60.80 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 156 | 31 | 52 | 0 | -03:05:05 | 00:02:26 | 11.16 | 65.46 | 9.16 | 64.71 | 3.68 | 68.80 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 144 | 41 | 52 | 0 | -03:16:27 | 00:02:26 | 6.55 | 63.58 | 4.16 | 62.63 | 12.34 | 72.09 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 63 | 122 | 52 | 0 | -02:49:39 | 00:04:37 | 10.35 | 66.23 | 7.81 | 64.58 | 13.65 | 66.24 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -2 | 186 | 52 | 0 | -30:06:10 | 00:05:08 | -2.17 | 67.08 | -2.65 | 65.23 | -3.91 | 66.53 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 4 | 180 | 52 | 0 | -26:08:46 | 00:05:08 | -2.46 | 66.71 | -3.02 | 64.92 | -4.29 | 65.75 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 2 | 182 | 52 | 0 | -26:06:44 | 00:05:03 | -19.47 | 67.01 | -16.61 | 65.21 | -17.60 | 66.42 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -3 | 187 | 52 | 0 | -30:02:36 | 00:05:07 | -19.01 | 67.01 | -16.34 | 65.19 | -16.62 | 66.53 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 27 | 158 | 52 | 0 | -62:57:05 | 00:04:49 | -17.67 | 68.07 | -15.09 | 66.03 | -14.73 | 69.18 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 9 | 176 | 52 | 0 | -04:10:54 | 00:05:00 | -6.46 | 67.05 | -5.93 | 65.22 | -7.85 | 67.22 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 123 | 62 | 52 | 0 | --1:57:36 | 00:04:04 | -12.75 | 69.02 | -10.52 | 66.69 | -14.20 | 73.15 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |