The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 45 | 14 | 17 | 0 | --1:57:07 | 00:03:41 | -18.44 | 63.53 | -15.63 | 60.95 | -26.04 | 63.04 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 59 | 0 | 17 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 59 | 17 | 0 | -72:10:32 | 00:05:33 | -22.28 | 64.34 | -19.12 | 62.94 | -23.17 | 62.63 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 59 | 17 | 0 | -32:12:59 | 00:05:33 | 4.41 | 64.34 | 0.84 | 62.94 | 5.95 | 62.63 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 59 | 17 | 0 | -67:01:37 | 00:05:33 | -16.16 | 64.34 | -14.41 | 62.94 | -14.96 | 62.63 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 59 | 17 | 0 | -76:46:09 | 00:05:33 | -22.16 | 64.34 | -19.33 | 62.94 | -22.35 | 62.63 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 54 | 17 | 0 | -27:48:46 | 00:05:24 | -19.68 | 64.54 | -16.82 | 63.05 | -19.98 | 68.40 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 59 | 0 | 17 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 1 | 57 | 17 | 0 | -71:18:20 | 00:05:30 | -21.33 | 65.03 | -18.34 | 63.54 | -17.62 | 64.94 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 14 | 44 | 17 | 0 | -80:36:40 | 00:04:38 | 7.67 | 65.76 | -0.11 | 64.53 | 10.08 | 64.91 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 59 | 17 | 0 | -66:39:36 | 00:05:33 | -21.87 | 64.34 | -19.03 | 62.94 | -18.03 | 62.63 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 15 | 43 | 17 | 0 | -61:51:16 | 00:05:28 | -22.59 | 63.12 | -19.58 | 62.22 | -24.57 | 55.99 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 0 | 58 | 17 | 0 | -01:35:34 | 00:05:36 | 8.89 | 64.85 | 6.23 | 63.23 | 4.43 | 62.63 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 55 | 17 | 0 | -13:02:38 | 00:05:38 | -9.71 | 64.50 | -9.44 | 62.93 | -0.78 | 66.03 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 40 | 19 | 17 | 0 | -09:11:01 | 00:03:41 | 2.36 | 66.22 | -1.15 | 64.80 | 5.48 | 81.77 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 59 | 0 | 17 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 8 | 50 | 17 | 0 | -44:30:27 | 00:05:25 | -0.44 | 62.99 | -1.46 | 61.86 | -4.88 | 60.12 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 7 | 51 | 17 | 0 | --1:54:31 | 00:05:49 | 12.11 | 67.33 | 11.86 | 65.33 | 4.57 | 62.33 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 4 | 54 | 17 | 0 | -52:36:26 | 00:05:23 | -1.96 | 64.55 | -2.83 | 63.21 | -4.42 | 62.63 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 22 | 36 | 17 | 0 | -02:56:15 | 00:05:26 | 11.43 | 60.43 | 8.27 | 60.05 | -2.23 | 38.49 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 30 | 28 | 17 | 0 | -02:58:03 | 00:05:11 | 15.23 | 56.79 | 11.17 | 57.10 | 1.76 | 37.38 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 52 | 7 | 17 | 0 | -02:58:58 | 00:02:04 | 8.90 | 50.63 | 7.08 | 54.29 | 11.25 | 93.75 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 50 | 9 | 17 | 0 | -03:29:51 | 00:01:50 | 12.08 | 55.24 | 8.50 | 56.57 | 58.62 | 93.51 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 22 | 36 | 17 | 0 | -02:56:05 | 00:04:33 | 12.89 | 59.99 | 9.42 | 59.51 | 8.04 | 51.35 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 59 | 17 | 0 | -31:59:21 | 00:05:33 | -3.36 | 64.34 | -3.96 | 62.94 | -7.07 | 62.63 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 5 | 53 | 17 | 0 | -28:33:59 | 00:05:35 | -4.31 | 62.73 | -4.54 | 61.55 | -11.33 | 58.66 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 4 | 54 | 17 | 0 | -15:03:40 | 00:05:22 | -22.59 | 64.09 | -19.43 | 62.80 | -22.68 | 61.74 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 59 | 17 | 0 | -21:50:43 | 00:05:33 | -21.91 | 64.34 | -19.02 | 62.94 | -19.25 | 62.63 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 29 | 30 | 17 | 0 | -60:12:40 | 00:04:22 | -18.87 | 67.33 | -16.72 | 65.22 | -11.69 | 75.02 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 3 | 55 | 17 | 0 | -04:36:01 | 00:05:31 | -7.57 | 63.85 | -7.17 | 62.52 | -11.09 | 61.68 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 37 | 22 | 17 | 0 | --1:56:26 | 00:03:53 | -11.15 | 68.45 | -8.57 | 65.61 | -25.51 | 63.04 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |