The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 296 | 77 | 0 | 0 | --2:39:43 | 01:20:54 | -28.53 | 54.21 | -22.82 | 55.95 | -24.03 | 58.15 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 55 | 315 | 0 | 0 | -65:47:26 | 01:42:28 | -17.85 | 56.44 | -14.91 | 57.44 | -9.81 | 58.64 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 83 | 287 | 0 | 0 | -13:09:41 | 01:34:49 | -16.39 | 56.11 | -13.98 | 57.22 | -8.48 | 57.11 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 5 | 364 | 0 | 0 | -08:40:12 | 01:40:10 | -17.40 | 56.43 | -14.64 | 57.38 | -7.58 | 58.63 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -2 | 372 | 0 | 0 | --2:21:51 | 01:44:15 | -7.98 | 56.48 | -5.73 | 57.47 | -4.00 | 58.58 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 189 | 181 | 0 | 0 | -10:08:04 | 01:45:42 | -9.83 | 57.13 | -8.52 | 58.24 | -3.06 | 60.72 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 374 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 40 | 329 | 0 | 0 | -39:33:50 | 01:39:57 | -8.49 | 56.80 | -6.80 | 57.74 | -5.31 | 58.70 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 54 | 316 | 0 | 0 | --2:16:16 | 01:44:24 | 1.91 | 58.91 | 4.10 | 59.44 | 2.59 | 57.90 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 53 | 316 | 0 | 0 | -53:30:39 | 01:30:01 | -10.16 | 56.75 | -8.46 | 57.75 | -7.19 | 58.72 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 133 | 237 | 0 | 0 | -01:45:48 | 01:20:47 | 0.43 | 54.77 | 0.35 | 56.12 | 4.83 | 54.33 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 182 | 191 | 0 | 0 | -01:54:42 | 01:18:05 | 2.83 | 52.49 | 2.76 | 54.51 | 7.01 | 52.95 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 307 | 67 | 0 | 0 | -02:44:38 | 00:36:25 | 2.39 | 48.83 | 2.24 | 52.46 | 0.16 | 56.38 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 295 | 78 | 0 | 0 | -02:46:34 | 00:36:03 | -2.42 | 48.83 | -2.76 | 51.84 | 1.14 | 59.73 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 147 | 224 | 0 | 0 | -01:44:36 | 01:20:58 | 0.42 | 53.82 | 0.14 | 55.33 | 6.44 | 56.76 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 67 | 302 | 0 | 0 | -32:57:06 | 01:37:58 | -11.08 | 56.27 | -9.53 | 57.28 | -7.90 | 58.73 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 36 | 333 | 0 | 0 | -29:31:57 | 01:35:35 | -11.77 | 56.42 | -9.86 | 57.38 | -9.17 | 58.66 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 3 | 366 | 0 | 0 | -36:30:41 | 01:39:55 | -29.74 | 56.45 | -24.14 | 57.49 | -20.59 | 59.22 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 370 | 0 | 0 | -41:08:45 | 01:38:50 | -29.31 | 56.53 | -23.88 | 57.54 | -20.04 | 59.40 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 28 | 342 | 0 | 0 | -60:43:35 | 01:41:31 | -28.13 | 56.79 | -22.73 | 57.81 | -19.41 | 59.89 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 21 | 349 | 0 | 0 | -02:45:43 | 01:34:38 | -15.09 | 56.46 | -12.48 | 57.36 | -9.64 | 59.21 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 258 | 115 | 0 | 0 | --2:40:00 | 01:21:14 | -24.09 | 56.38 | -18.98 | 57.68 | -22.87 | 58.28 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |