The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 45 | 14 | 0 | 0 | --2:57:45 | 01:03:10 | -28.01 | 53.96 | -22.52 | 54.06 | -35.56 | 53.52 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 59 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 59 | 0 | 0 | -71:07:31 | 01:34:01 | -31.14 | 55.47 | -25.49 | 56.56 | -27.60 | 58.20 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 59 | 0 | 0 | -30:48:57 | 01:34:01 | -5.59 | 55.47 | -6.45 | 56.56 | 1.52 | 58.20 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 59 | 0 | 0 | -65:36:13 | 01:34:01 | -25.06 | 55.47 | -20.84 | 56.56 | -19.39 | 58.20 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 59 | 0 | 0 | -75:16:34 | 01:34:01 | -31.10 | 55.47 | -25.75 | 56.56 | -26.79 | 58.20 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 54 | 0 | 0 | -25:45:30 | 01:32:38 | -29.15 | 55.39 | -23.49 | 56.49 | -28.02 | 60.37 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 59 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 1 | 57 | 0 | 0 | -69:32:25 | 01:34:59 | -30.15 | 56.28 | -24.66 | 57.27 | -21.81 | 60.75 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 14 | 44 | 0 | 0 | -79:09:28 | 01:33:33 | -1.75 | 56.34 | -6.51 | 58.14 | 3.76 | 58.59 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 59 | 0 | 0 | -65:12:45 | 01:34:01 | -30.75 | 55.47 | -25.45 | 56.56 | -22.46 | 58.20 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 15 | 43 | 0 | 0 | -60:08:19 | 01:25:47 | -31.71 | 53.99 | -26.62 | 55.16 | -24.66 | 55.90 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 55 | 0 | 0 | -09:24:52 | 01:36:44 | -19.23 | 55.38 | -16.28 | 56.35 | -8.11 | 58.70 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 0 | 58 | 0 | 0 | --2:24:26 | 01:41:10 | -8.89 | 55.97 | -6.23 | 57.01 | -4.43 | 58.20 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 40 | 19 | 0 | 0 | -07:27:51 | 01:49:20 | -7.32 | 56.53 | -7.35 | 58.60 | -9.56 | 66.74 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 59 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 8 | 50 | 0 | 0 | -41:47:33 | 01:24:31 | -8.80 | 55.23 | -7.12 | 56.63 | -9.23 | 55.77 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 7 | 51 | 0 | 0 | --2:28:31 | 01:31:48 | 2.32 | 57.79 | 4.56 | 58.21 | -0.11 | 57.66 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 4 | 54 | 0 | 0 | -49:51:27 | 01:35:59 | -11.76 | 55.28 | -9.78 | 56.55 | -8.86 | 58.20 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 22 | 36 | 0 | 0 | -01:57:00 | 01:11:08 | 1.84 | 50.69 | 0.95 | 52.47 | 2.21 | 42.93 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 30 | 28 | 0 | 0 | -01:56:52 | 01:14:28 | 3.91 | 45.41 | 2.69 | 48.15 | 5.83 | 41.45 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 52 | 7 | 0 | 0 | -02:24:28 | 00:58:26 | 0.04 | 41.77 | -0.41 | 46.80 | 13.25 | 95.75 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 50 | 9 | 0 | 0 | -02:27:23 | 01:02:24 | 3.82 | 46.98 | 2.08 | 50.15 | 50.92 | 85.80 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 22 | 36 | 0 | 0 | -01:50:23 | 01:16:20 | 3.13 | 50.08 | 1.77 | 51.61 | 9.19 | 52.49 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 59 | 0 | 0 | -29:48:03 | 01:34:01 | -12.56 | 55.47 | -10.47 | 56.56 | -11.51 | 58.20 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 5 | 53 | 0 | 0 | -26:16:44 | 01:26:14 | -14.16 | 53.32 | -11.42 | 54.84 | -15.58 | 54.41 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 4 | 54 | 0 | 0 | -14:06:42 | 01:34:09 | -31.85 | 54.90 | -26.15 | 56.14 | -27.74 | 56.69 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 59 | 0 | 0 | -19:37:36 | 01:34:01 | -30.81 | 55.47 | -25.41 | 56.56 | -23.69 | 58.20 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 29 | 30 | 0 | 0 | -58:32:04 | 01:47:57 | -28.56 | 57.64 | -23.27 | 58.67 | -23.52 | 63.20 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 3 | 55 | 0 | 0 | -03:00:33 | 01:30:42 | -16.90 | 54.85 | -13.98 | 55.95 | -15.52 | 57.24 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 37 | 22 | 0 | 0 | --2:53:41 | 01:06:39 | -19.71 | 59.89 | -15.02 | 59.17 | -35.03 | 53.52 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |