The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 143 | 41 | 0 | 0 | --2:56:04 | 01:04:54 | -24.41 | 58.22 | -19.79 | 58.72 | -20.80 | 65.12 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 55 | 126 | 0 | 0 | -71:27:53 | 01:35:10 | -19.06 | 59.42 | -15.92 | 59.48 | -14.66 | 61.80 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 33 | 148 | 0 | 0 | -73:09:02 | 01:30:44 | -28.78 | 57.59 | -23.67 | 58.11 | -24.97 | 57.85 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -3 | 183 | 0 | 0 | -30:54:50 | 01:35:03 | -1.98 | 58.12 | -4.31 | 58.53 | 2.28 | 60.87 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 58 | 123 | 0 | 0 | -13:22:53 | 01:34:00 | -14.41 | 59.59 | -12.48 | 59.62 | -9.50 | 61.81 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 177 | 0 | 0 | -11:38:01 | 01:34:56 | -16.08 | 58.51 | -13.77 | 58.76 | -8.37 | 60.95 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -2 | 183 | 0 | 0 | --2:31:28 | 01:33:38 | -8.70 | 58.57 | -6.50 | 58.89 | -5.30 | 60.78 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 102 | 79 | 0 | 0 | -09:21:00 | 01:23:40 | -8.54 | 59.72 | -7.60 | 60.37 | -1.60 | 65.29 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 185 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 5 | 175 | 0 | 0 | -40:08:46 | 01:32:36 | -8.77 | 58.23 | -6.85 | 58.63 | -7.22 | 60.37 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 17 | 164 | 0 | 0 | --2:23:00 | 01:37:22 | 1.42 | 60.47 | 3.58 | 60.42 | 1.52 | 61.84 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 7 | 173 | 0 | 0 | -50:59:49 | 01:33:06 | -10.79 | 57.88 | -8.93 | 58.34 | -8.21 | 60.06 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 56 | 125 | 0 | 0 | -01:42:30 | 01:20:10 | 1.56 | 57.13 | 1.06 | 57.60 | 6.77 | 58.09 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 90 | 94 | 0 | 0 | -01:39:17 | 01:24:36 | 3.02 | 54.67 | 2.71 | 55.86 | 12.12 | 58.17 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 154 | 31 | 0 | 0 | -02:30:15 | 00:41:17 | 1.64 | 55.95 | 2.45 | 58.00 | 1.81 | 66.93 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 142 | 42 | 0 | 0 | -02:34:04 | 00:43:58 | -3.70 | 52.83 | -3.73 | 54.50 | 0.85 | 60.60 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 61 | 121 | 0 | 0 | -01:37:30 | 01:22:10 | 1.34 | 57.19 | 0.73 | 57.46 | 10.23 | 62.82 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -4 | 184 | 0 | 0 | -28:33:00 | 01:35:15 | -11.05 | 58.16 | -9.37 | 58.51 | -9.28 | 60.78 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 178 | 0 | 0 | -24:29:02 | 01:32:56 | -11.46 | 57.71 | -9.81 | 58.17 | -9.66 | 59.96 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 180 | 0 | 0 | -25:02:41 | 01:34:52 | -28.31 | 58.06 | -23.28 | 58.47 | -23.22 | 60.47 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -5 | 185 | 0 | 0 | -28:22:24 | 01:34:48 | -27.74 | 58.16 | -22.91 | 58.54 | -22.02 | 60.78 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 25 | 156 | 0 | 0 | -61:17:28 | 01:37:38 | -26.53 | 59.07 | -21.74 | 59.32 | -21.75 | 62.04 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 7 | 174 | 0 | 0 | -02:43:23 | 01:30:51 | -15.06 | 58.52 | -12.41 | 58.82 | -13.31 | 61.57 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 121 | 63 | 0 | 0 | --2:49:01 | 01:13:01 | -20.88 | 60.81 | -16.71 | 60.49 | -22.57 | 64.79 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |