The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 143 | 20 | 0 | 0 | --2:56:04 | 01:04:54 | -31.03 | 48.57 | -24.94 | 51.08 | -39.23 | 48.68 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 55 | 74 | 0 | 0 | -71:27:53 | 01:35:10 | -23.37 | 53.56 | -18.91 | 55.39 | -19.28 | 55.76 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 33 | 79 | 0 | 0 | -73:09:02 | 01:30:44 | -35.98 | 48.43 | -29.23 | 51.09 | -36.21 | 45.45 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -3 | 101 | 0 | 0 | -30:54:50 | 01:35:03 | -7.53 | 49.47 | -9.21 | 51.91 | -3.22 | 52.58 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 58 | 71 | 0 | 0 | -13:22:53 | 01:34:00 | -17.75 | 53.62 | -14.85 | 55.47 | -11.71 | 55.55 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 98 | 0 | 0 | -11:38:01 | 01:34:56 | -22.44 | 49.46 | -18.91 | 51.86 | -14.35 | 51.94 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -2 | 101 | 0 | 0 | --2:31:28 | 01:33:38 | -9.86 | 49.74 | -7.17 | 52.10 | -6.10 | 52.20 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 102 | 47 | 0 | 0 | -09:21:00 | 01:23:40 | -10.97 | 51.10 | -9.59 | 54.14 | -2.91 | 55.21 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 185 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 5 | 97 | 0 | 0 | -40:08:46 | 01:32:36 | -10.75 | 50.12 | -8.41 | 52.45 | -8.09 | 52.09 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 17 | 90 | 0 | 0 | --2:23:00 | 01:37:22 | 2.51 | 51.33 | 4.99 | 53.26 | 2.95 | 52.03 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 7 | 95 | 0 | 0 | -50:59:49 | 01:33:06 | -13.19 | 49.57 | -10.57 | 51.99 | -11.80 | 51.03 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 56 | 68 | 0 | 0 | -01:42:30 | 01:20:10 | 3.49 | 47.94 | 2.39 | 50.36 | 4.57 | 50.14 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 90 | 58 | 0 | 0 | -01:39:17 | 01:24:36 | 4.46 | 46.72 | 3.80 | 49.52 | 8.50 | 50.82 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 154 | 18 | 0 | 0 | -02:30:15 | 00:41:17 | 5.48 | 49.32 | 5.57 | 52.68 | 6.72 | 59.36 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 142 | 23 | 0 | 0 | -02:34:04 | 00:43:58 | -4.16 | 45.98 | -3.84 | 49.53 | -7.24 | 53.27 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 61 | 62 | 0 | 0 | -01:37:30 | 01:22:10 | 2.94 | 48.45 | 2.01 | 50.84 | 10.10 | 54.27 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -4 | 101 | 0 | 0 | -28:33:00 | 01:35:15 | -13.83 | 49.31 | -11.50 | 51.69 | -13.37 | 52.20 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 100 | 0 | 0 | -24:29:02 | 01:32:56 | -14.07 | 49.53 | -11.78 | 51.86 | -12.98 | 50.99 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 100 | 0 | 0 | -25:02:41 | 01:34:52 | -34.47 | 49.54 | -28.02 | 51.93 | -31.46 | 51.12 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -5 | 102 | 0 | 0 | -28:22:24 | 01:34:48 | -34.56 | 49.39 | -28.09 | 51.82 | -30.84 | 52.20 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 25 | 90 | 0 | 0 | -61:17:28 | 01:37:38 | -31.46 | 51.70 | -25.53 | 53.82 | -28.13 | 54.39 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 7 | 97 | 0 | 0 | -02:43:23 | 01:30:51 | -17.59 | 49.54 | -14.62 | 51.86 | -16.06 | 52.68 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 121 | 33 | 0 | 0 | --2:49:01 | 01:13:01 | -27.28 | 51.73 | -22.12 | 53.24 | -33.26 | 53.11 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |