The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 45 | 8 | 0 | 0 | --2:57:45 | 01:03:10 | -40.60 | 41.16 | -32.72 | 43.12 | -69.69 | 23.19 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 59 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 28 | 0 | 0 | -71:07:31 | 01:34:01 | -46.08 | 38.38 | -38.13 | 42.37 | -46.72 | 41.11 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 28 | 0 | 0 | -30:48:57 | 01:34:01 | -17.66 | 38.38 | -17.52 | 42.37 | -9.63 | 41.11 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 28 | 0 | 0 | -65:36:13 | 01:34:01 | -37.57 | 38.38 | -31.76 | 42.37 | -40.60 | 41.11 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 28 | 0 | 0 | -75:16:34 | 01:34:01 | -46.35 | 38.38 | -38.44 | 42.37 | -47.71 | 41.11 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 27 | 0 | 0 | -25:45:30 | 01:32:38 | -43.83 | 38.87 | -35.76 | 42.86 | -45.03 | 46.25 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 59 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 1 | 26 | 0 | 0 | -69:32:25 | 01:34:59 | -45.41 | 38.83 | -37.25 | 42.84 | -40.94 | 44.71 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 14 | 21 | 0 | 0 | -79:09:28 | 01:33:33 | -13.85 | 42.08 | -17.78 | 46.33 | -25.31 | 41.04 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 28 | 0 | 0 | -65:12:45 | 01:34:01 | -46.51 | 38.38 | -38.35 | 42.37 | -45.34 | 41.11 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 15 | 18 | 0 | 0 | -60:08:19 | 01:25:47 | -53.90 | 31.11 | -45.61 | 35.56 | -52.96 | 35.03 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 27 | 0 | 0 | -09:24:52 | 01:36:44 | -31.11 | 38.54 | -27.14 | 42.36 | -20.32 | 41.11 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 0 | 28 | 0 | 0 | --2:24:26 | 01:41:10 | -11.20 | 38.38 | -8.06 | 42.37 | -5.54 | 41.11 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 40 | 12 | 0 | 0 | -07:27:51 | 01:49:20 | -10.79 | 44.09 | -11.28 | 48.28 | -14.00 | 62.40 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 59 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 8 | 24 | 0 | 0 | -41:47:33 | 01:24:31 | -12.60 | 39.86 | -11.57 | 43.89 | -17.00 | 37.42 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 7 | 22 | 0 | 0 | --2:28:31 | 01:31:48 | 2.59 | 40.80 | 5.28 | 43.68 | 2.49 | 37.76 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 4 | 25 | 0 | 0 | -49:51:27 | 01:35:59 | -16.58 | 38.42 | -14.78 | 42.50 | -14.50 | 41.11 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 22 | 17 | 0 | 0 | -01:57:00 | 01:11:08 | -0.08 | 30.65 | -2.48 | 34.90 | -3.45 | 27.47 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 30 | 16 | 0 | 0 | -01:56:52 | 01:14:28 | 2.94 | 32.32 | 0.46 | 36.61 | -1.94 | 27.47 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 52 | 5 | 0 | 0 | -02:24:28 | 00:58:26 | -0.13 | 33.48 | -1.51 | 38.47 | 13.25 | 95.75 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 50 | 5 | 0 | 0 | -02:27:23 | 01:02:24 | -4.69 | 31.40 | -5.81 | 36.58 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 22 | 18 | 0 | 0 | -01:50:23 | 01:16:20 | 0.30 | 31.11 | -2.07 | 35.56 | 4.54 | 35.03 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 28 | 0 | 0 | -29:48:03 | 01:34:01 | -18.13 | 38.38 | -16.28 | 42.37 | -20.01 | 41.11 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 5 | 27 | 0 | 0 | -26:16:44 | 01:26:14 | -19.60 | 38.16 | -17.02 | 42.01 | -24.71 | 34.28 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 4 | 26 | 0 | 0 | -14:06:42 | 01:34:09 | -46.76 | 38.11 | -38.59 | 42.08 | -55.31 | 32.56 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 28 | 0 | 0 | -19:37:36 | 01:34:01 | -46.71 | 38.38 | -38.49 | 42.37 | -47.12 | 41.11 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 29 | 16 | 0 | 0 | -58:32:04 | 01:47:57 | -38.60 | 43.10 | -32.25 | 46.54 | -51.06 | 41.60 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 3 | 26 | 0 | 0 | -03:00:33 | 01:30:42 | -22.59 | 37.40 | -20.18 | 41.31 | -21.11 | 41.11 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 37 | 10 | 0 | 0 | --2:53:41 | 01:06:39 | -35.47 | 42.55 | -28.67 | 44.32 | -69.56 | 23.19 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |