The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 12 | 1 | 4 | 0 | --1:54:17 | 00:06:02 | -53.00 | 34.26 | -42.29 | 38.69 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 14 | 0 | 4 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 6 | 4 | 0 | -76:32:01 | 00:05:09 | -41.69 | 45.48 | -33.69 | 48.32 | -32.66 | 46.06 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 6 | 4 | 0 | -41:21:11 | 00:05:09 | -7.93 | 45.48 | -6.91 | 48.32 | 19.98 | 46.06 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 6 | 4 | 0 | -48:49:02 | 00:05:09 | -40.34 | 45.48 | -32.95 | 48.32 | -31.54 | 46.06 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 6 | 4 | 0 | -78:18:42 | 00:05:09 | -39.20 | 45.48 | -32.96 | 48.32 | -32.23 | 46.06 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 3 | 5 | 4 | 0 | -38:31:59 | 00:04:10 | -17.60 | 48.16 | -14.07 | 51.15 | -2.67 | 92.13 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 14 | 0 | 4 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -1 | 6 | 4 | 0 | -72:52:25 | 00:05:09 | -39.81 | 45.48 | -32.79 | 48.32 | -32.27 | 46.06 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -1 | 6 | 4 | 0 | -79:42:37 | 00:05:09 | -31.30 | 45.48 | -24.01 | 48.32 | -18.15 | 46.06 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 6 | 4 | 0 | -47:52:53 | 00:05:09 | -41.08 | 45.48 | -32.95 | 48.32 | -31.37 | 46.06 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -1 | 6 | 4 | 0 | -27:40:58 | 00:05:09 | -40.85 | 45.48 | -32.84 | 48.32 | -32.85 | 46.06 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -1 | 6 | 4 | 0 | -58:54:14 | 00:05:09 | -39.51 | 45.48 | -32.17 | 48.32 | -32.04 | 46.06 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -1 | 6 | 4 | 0 | -24:56:26 | 00:05:09 | -40.38 | 45.48 | -32.63 | 48.32 | -31.28 | 46.06 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 0 | 5 | 4 | 0 | -01:07:05 | 00:05:19 | 8.87 | 47.67 | 3.13 | 48.80 | 5.86 | 46.06 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 5 | 4 | 0 | -59:57:36 | 00:05:27 | -26.25 | 47.72 | -21.69 | 50.25 | -16.91 | 46.06 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 14 | 0 | 4 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 14 | 0 | 4 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -1 | 6 | 4 | 0 | -45:13:41 | 00:05:09 | -7.17 | 45.48 | -6.34 | 48.32 | -25.56 | 46.06 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 2 | 4 | 4 | 0 | --1:54:50 | 00:05:30 | 21.78 | 45.31 | 22.48 | 48.73 | 8.26 | 46.06 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -1 | 6 | 4 | 0 | -66:00:49 | 00:05:09 | -8.72 | 45.48 | -8.12 | 48.32 | -29.63 | 46.06 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 1 | 5 | 4 | 0 | -03:13:17 | 00:05:15 | 12.75 | 43.93 | 8.56 | 47.41 | -56.25 | 0.00 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 3 | 5 | 4 | 0 | -03:16:35 | 00:05:19 | 13.47 | 43.93 | 7.53 | 47.41 | -53.69 | 0.00 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 12 | 0 | 4 | 0 | -04:21:52 | 00:02:59 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 12 | 1 | 4 | 0 | -03:18:29 | 00:01:41 | 13.26 | 34.26 | 6.55 | 38.69 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 0 | 6 | 4 | 0 | -03:05:10 | 00:05:12 | 14.12 | 45.48 | 8.97 | 48.32 | 3.99 | 46.06 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 6 | 4 | 0 | -31:38:35 | 00:05:09 | -11.07 | 45.48 | -8.84 | 48.32 | -30.82 | 46.06 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 1 | 6 | 4 | 0 | -28:12:33 | 00:05:07 | -13.11 | 45.48 | -9.23 | 48.32 | -31.59 | 46.06 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -1 | 6 | 4 | 0 | -14:54:25 | 00:05:09 | -40.54 | 45.48 | -33.06 | 48.32 | -32.97 | 46.06 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 6 | 4 | 0 | -14:31:06 | 00:05:09 | -40.49 | 45.48 | -33.18 | 48.32 | -33.15 | 46.06 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 14 | 0 | 4 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 0 | 6 | 4 | 0 | -05:14:07 | 00:05:12 | -15.61 | 45.48 | -12.69 | 48.32 | -8.40 | 46.06 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 7 | 1 | 4 | 0 | --1:54:44 | 00:05:36 | -53.02 | 34.26 | -42.24 | 38.69 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |