The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 12 | 1 | 0 | 0 | --2:54:30 | 01:05:50 | -53.27 | 33.99 | -38.31 | 42.67 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 5 | 0 | 0 | -75:34:30 | 01:02:41 | -48.74 | 38.80 | -36.69 | 45.67 | -38.52 | 40.20 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 5 | 0 | 0 | -40:23:41 | 01:02:41 | -20.43 | 38.80 | -14.03 | 45.67 | 14.11 | 40.20 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 5 | 0 | 0 | -47:51:35 | 01:02:41 | -46.68 | 38.80 | -35.41 | 45.67 | -37.40 | 40.20 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 5 | 0 | 0 | -77:21:34 | 01:02:41 | -46.52 | 38.80 | -36.29 | 45.67 | -38.09 | 40.20 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 3 | 4 | 0 | 0 | -38:55:42 | 00:49:37 | -27.30 | 42.18 | -17.53 | 49.78 | -14.40 | 80.40 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -1 | 5 | 0 | 0 | -71:59:33 | 01:02:41 | -47.25 | 38.80 | -36.09 | 45.67 | -38.13 | 40.20 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -1 | 5 | 0 | 0 | -78:45:03 | 01:02:41 | -37.04 | 38.80 | -25.55 | 45.67 | -24.01 | 40.20 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 5 | 0 | 0 | -46:55:24 | 01:02:41 | -47.88 | 38.80 | -35.92 | 45.67 | -37.23 | 40.20 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -1 | 5 | 0 | 0 | -26:15:11 | 01:02:41 | -47.55 | 38.80 | -35.70 | 45.67 | -38.71 | 40.20 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -1 | 5 | 0 | 0 | -57:55:33 | 01:02:41 | -47.03 | 38.80 | -35.59 | 45.67 | -37.90 | 40.20 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -1 | 5 | 0 | 0 | -23:58:57 | 01:02:41 | -48.06 | 38.80 | -36.06 | 45.67 | -37.14 | 40.20 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 4 | 0 | 0 | -52:45:32 | 01:05:01 | -36.63 | 40.00 | -27.23 | 46.42 | -22.77 | 40.20 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 0 | 5 | 0 | 0 | --2:52:55 | 01:12:24 | -8.87 | 38.80 | -3.13 | 45.67 | -5.86 | 40.20 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -1 | 5 | 0 | 0 | -43:01:34 | 01:02:41 | -14.74 | 38.80 | -8.11 | 45.67 | -31.42 | 40.20 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 2 | 3 | 0 | 0 | --2:51:19 | 01:09:02 | 10.33 | 37.15 | 16.58 | 44.44 | 2.39 | 40.20 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -1 | 5 | 0 | 0 | -63:38:20 | 01:02:41 | -16.60 | 38.80 | -10.24 | 45.67 | -35.49 | 40.20 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 1 | 4 | 0 | 0 | -02:38:44 | 00:59:39 | 9.39 | 38.74 | 9.13 | 45.39 | -56.25 | 0.00 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 3 | 4 | 0 | 0 | -02:39:22 | 00:57:49 | 9.79 | 38.74 | 9.18 | 45.39 | -53.69 | 0.00 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 12 | 0 | 0 | 0 | -03:46:44 | 00:38:07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 12 | 1 | 0 | 0 | -02:57:45 | 00:22:25 | 12.99 | 33.99 | 10.53 | 42.67 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 0 | 5 | 0 | 0 | -02:25:59 | 01:02:13 | 8.86 | 38.80 | 8.29 | 45.67 | -1.87 | 40.20 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 5 | 0 | 0 | -30:00:45 | 01:02:41 | -17.98 | 38.80 | -11.24 | 45.67 | -36.68 | 40.20 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 1 | 5 | 0 | 0 | -26:27:09 | 01:01:28 | -20.43 | 38.80 | -11.72 | 45.67 | -37.45 | 40.20 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -1 | 5 | 0 | 0 | -14:18:45 | 01:02:41 | -48.13 | 38.80 | -36.37 | 45.67 | -38.84 | 40.20 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 5 | 0 | 0 | -12:42:47 | 01:02:41 | -47.80 | 38.80 | -36.17 | 45.67 | -39.02 | 40.20 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 0 | 5 | 0 | 0 | -03:54:05 | 01:02:13 | -19.59 | 38.80 | -13.17 | 45.67 | -14.26 | 40.20 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 7 | 1 | 0 | 0 | --2:53:01 | 01:07:20 | -53.29 | 33.99 | -38.27 | 42.67 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |