The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 229 | 32 | 0 | 0 | --33:58:15 | 32:02:27 | -21.02 | 60.71 | -14.61 | 63.50 | -18.46 | 63.78 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | -12 | 133 | 0 | 0 | -33:17:23 | 35:14:47 | -9.84 | 65.35 | -8.14 | 65.00 | -3.90 | 62.04 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 16 | 130 | 0 | 0 | --23:38:27 | 34:55:04 | -6.60 | 65.47 | -5.75 | 65.11 | -1.35 | 61.46 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -67 | 157 | 0 | 0 | --33:02:54 | 34:35:04 | 12.77 | 63.82 | 10.27 | 63.74 | 10.58 | 61.19 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -62 | 157 | 0 | 0 | --23:03:27 | 34:24:44 | -8.91 | 63.93 | -7.43 | 64.04 | -2.32 | 61.41 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -69 | 160 | 0 | 0 | --35:31:26 | 34:34:12 | 3.81 | 64.00 | 3.86 | 63.80 | 6.00 | 61.91 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 122 | 78 | 0 | 0 | --23:14:09 | 34:08:44 | 1.96 | 65.41 | 0.89 | 65.49 | 4.67 | 62.55 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 307 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -27 | 157 | 0 | 0 | -06:41:07 | 34:26:05 | 2.81 | 63.84 | 2.64 | 63.95 | 4.86 | 61.33 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -13 | 140 | 0 | 0 | --36:56:29 | 35:03:56 | 15.36 | 65.01 | 15.19 | 64.37 | 13.81 | 61.20 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -14 | 152 | 0 | 0 | -20:28:55 | 33:39:05 | 0.75 | 63.75 | 0.90 | 63.87 | 1.45 | 63.18 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 66 | 111 | 0 | 0 | --29:06:32 | 31:55:32 | 16.21 | 63.12 | 13.78 | 63.65 | 15.81 | 61.23 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 115 | 95 | 0 | 0 | --30:11:56 | 32:57:59 | 18.47 | 62.90 | 15.46 | 63.01 | 17.01 | 60.45 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 240 | 28 | 0 | 0 | --26:40:07 | 28:46:05 | 17.59 | 63.91 | 15.28 | 64.57 | 6.77 | 67.11 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 228 | 34 | 0 | 0 | --25:01:53 | 28:23:03 | 10.53 | 61.76 | 9.24 | 64.05 | 9.69 | 66.62 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 80 | 103 | 0 | 0 | --30:45:15 | 32:13:03 | 15.03 | 63.12 | 12.68 | 63.61 | 17.52 | 60.62 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -31 | 159 | 0 | 0 | --5:22:36 | 34:25:11 | -0.63 | 63.84 | -0.38 | 63.88 | -0.79 | 61.40 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -64 | 159 | 0 | 0 | -00:38:00 | 34:18:57 | -20.66 | 63.95 | -16.53 | 64.01 | -15.87 | 62.41 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -68 | 161 | 0 | 0 | -05:53:18 | 34:17:48 | -20.69 | 63.73 | -16.65 | 63.83 | -16.30 | 62.62 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -39 | 148 | 0 | 0 | -28:26:47 | 34:41:33 | -18.55 | 64.68 | -14.80 | 64.61 | -14.37 | 62.95 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -46 | 155 | 0 | 0 | --31:55:57 | 34:16:15 | -3.15 | 64.08 | -2.73 | 63.96 | 0.53 | 63.39 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 191 | 50 | 0 | 0 | --33:45:04 | 32:16:20 | -15.35 | 63.23 | -10.55 | 64.62 | -13.50 | 65.52 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |