The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 147 | 42 | 0 | 0 | --26:01:00 | 25:59:57 | -13.93 | 68.61 | -10.05 | 68.50 | -9.20 | 76.72 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 59 | 129 | 0 | 0 | -43:17:09 | 29:30:33 | -8.97 | 69.59 | -7.17 | 68.35 | -5.43 | 70.73 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 37 | 151 | 0 | 0 | -44:42:58 | 29:58:07 | -17.80 | 68.64 | -14.14 | 67.73 | -14.06 | 68.93 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 1 | 187 | 0 | 0 | -02:30:12 | 29:54:48 | 9.01 | 68.99 | 5.01 | 67.88 | 11.60 | 70.40 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 62 | 126 | 0 | 0 | --14:00:09 | 29:18:06 | -4.27 | 69.81 | -3.67 | 68.54 | -1.18 | 70.29 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 4 | 184 | 0 | 0 | --29:27:00 | 30:08:15 | 11.05 | 69.21 | 9.37 | 67.89 | 9.28 | 70.06 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 7 | 181 | 0 | 0 | --16:01:21 | 29:46:27 | -5.45 | 69.21 | -4.58 | 68.04 | 1.54 | 70.97 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 2 | 186 | 0 | 0 | --31:53:50 | 30:11:18 | 2.17 | 69.25 | 2.65 | 67.88 | 3.91 | 70.45 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 106 | 83 | 0 | 0 | --18:49:16 | 28:04:37 | 2.24 | 70.25 | 1.29 | 69.31 | 4.94 | 72.40 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 189 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 9 | 180 | 0 | 0 | -11:43:49 | 29:50:55 | 1.94 | 68.83 | 2.25 | 67.79 | 2.09 | 70.01 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 21 | 167 | 0 | 0 | --31:35:33 | 30:24:50 | 12.11 | 70.79 | 12.28 | 68.79 | 11.39 | 72.07 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 11 | 178 | 0 | 0 | -22:32:42 | 29:53:21 | 0.46 | 69.00 | 0.60 | 67.86 | 1.71 | 70.33 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 60 | 128 | 0 | 0 | --26:46:01 | 28:16:13 | 13.73 | 68.85 | 11.78 | 67.98 | 15.00 | 67.24 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 94 | 94 | 0 | 0 | --26:14:04 | 28:48:00 | 16.46 | 67.81 | 13.76 | 66.77 | 21.38 | 67.43 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 158 | 30 | 0 | 0 | --20:05:48 | 23:05:24 | 12.92 | 66.91 | 11.57 | 66.84 | 4.12 | 69.24 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 146 | 42 | 0 | 0 | --21:52:15 | 23:26:23 | 8.61 | 64.92 | 7.96 | 66.37 | 9.58 | 69.33 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 65 | 124 | 0 | 0 | --26:42:19 | 28:15:36 | 13.14 | 68.54 | 11.35 | 67.79 | 16.83 | 69.42 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 6 | 182 | 0 | 0 | --4:06:33 | 29:56:47 | -0.26 | 68.84 | -0.20 | 67.73 | -0.12 | 69.92 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 4 | 184 | 0 | 0 | --4:41:29 | 29:55:20 | -17.31 | 69.10 | -13.85 | 67.98 | -13.53 | 70.49 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 189 | 0 | 0 | --1:54:14 | 30:00:27 | -16.89 | 69.02 | -13.71 | 67.88 | -12.71 | 70.45 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 29 | 159 | 0 | 0 | -33:01:15 | 29:52:57 | -16.01 | 69.68 | -12.70 | 68.46 | -12.02 | 71.89 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 11 | 177 | 0 | 0 | --26:45:10 | 29:29:18 | -4.21 | 69.38 | -3.20 | 68.00 | -2.88 | 72.20 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 125 | 64 | 0 | 0 | --28:11:43 | 27:50:17 | -11.32 | 70.32 | -7.94 | 69.29 | -9.24 | 78.12 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |