The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 46 | 14 | 0 | 0 | --29:47:01 | 28:13:54 | -14.12 | 67.86 | -10.35 | 66.23 | -17.51 | 71.58 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 60 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 60 | 0 | 0 | -41:40:58 | 31:04:44 | -18.77 | 67.82 | -15.14 | 66.88 | -16.09 | 69.71 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 60 | 0 | 0 | -01:27:30 | 31:04:44 | 7.37 | 67.82 | 4.38 | 66.88 | 13.02 | 69.71 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 60 | 0 | 0 | -35:47:28 | 31:04:44 | -12.83 | 67.82 | -10.59 | 66.88 | -7.89 | 69.71 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 60 | 0 | 0 | -45:47:33 | 31:04:44 | -18.67 | 67.82 | -15.35 | 66.88 | -15.28 | 69.71 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 5 | 55 | 0 | 0 | --4:51:33 | 30:20:22 | -15.89 | 68.04 | -12.55 | 67.00 | -16.20 | 72.19 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 60 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 2 | 58 | 0 | 0 | -40:12:16 | 30:56:59 | -17.85 | 68.49 | -14.43 | 67.43 | -11.60 | 70.96 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 15 | 45 | 0 | 0 | -49:44:05 | 30:58:00 | 10.08 | 68.69 | 2.85 | 67.80 | 17.80 | 72.63 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 60 | 0 | 0 | -35:23:25 | 31:04:44 | -18.40 | 67.82 | -15.09 | 66.88 | -10.96 | 69.71 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 16 | 44 | 0 | 0 | -30:49:02 | 29:55:48 | -18.23 | 67.49 | -14.94 | 66.80 | -14.38 | 66.18 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 59 | 0 | 0 | --30:11:57 | 31:22:04 | 12.56 | 68.03 | 10.47 | 67.03 | 11.51 | 69.71 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 56 | 0 | 0 | --19:20:52 | 30:51:14 | -6.21 | 68.20 | -5.33 | 67.16 | 6.02 | 72.83 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 59 | 0 | 0 | --32:00:39 | 32:04:54 | 3.36 | 67.70 | 3.96 | 66.91 | 7.07 | 69.71 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 41 | 19 | 0 | 0 | --20:05:59 | 29:11:12 | 4.84 | 68.70 | 2.50 | 68.45 | -1.08 | 75.22 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 60 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 9 | 51 | 0 | 0 | -12:09:27 | 30:42:25 | 3.19 | 66.92 | 2.75 | 66.40 | 2.63 | 67.63 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 8 | 52 | 0 | 0 | --32:58:06 | 31:02:13 | 15.44 | 70.11 | 15.27 | 68.30 | 12.25 | 70.01 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 5 | 55 | 0 | 0 | -20:10:10 | 31:01:37 | 1.09 | 67.79 | 0.59 | 66.79 | 2.65 | 69.71 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 23 | 37 | 0 | 0 | --26:11:20 | 28:52:21 | 16.99 | 65.56 | 14.15 | 65.61 | 14.29 | 55.02 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 31 | 29 | 0 | 0 | --26:01:23 | 29:04:05 | 21.06 | 62.39 | 17.10 | 62.87 | 19.09 | 54.71 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 53 | 7 | 0 | 0 | --22:28:57 | 24:53:57 | 15.89 | 57.62 | 14.84 | 62.05 | 10.50 | 93.00 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 51 | 9 | 0 | 0 | --21:43:41 | 23:46:06 | 19.00 | 62.16 | 15.85 | 63.91 | 56.14 | 91.02 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 23 | 37 | 0 | 0 | --27:44:12 | 29:18:07 | 18.36 | 65.08 | 15.02 | 64.84 | 20.90 | 64.21 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 6 | 54 | 0 | 0 | --4:50:53 | 30:37:32 | -0.49 | 66.76 | 0.05 | 66.17 | -2.61 | 67.38 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 5 | 55 | 0 | 0 | --16:31:39 | 30:53:29 | -18.69 | 67.97 | -15.08 | 67.13 | -14.64 | 69.78 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 60 | 0 | 0 | --10:10:24 | 31:04:44 | -18.41 | 67.82 | -15.05 | 66.88 | -12.18 | 69.71 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 30 | 30 | 0 | 0 | -28:50:42 | 31:29:19 | -16.12 | 70.08 | -12.98 | 68.95 | -9.01 | 77.70 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 4 | 56 | 0 | 0 | --27:55:34 | 30:31:33 | -4.09 | 67.71 | -3.09 | 66.88 | -3.57 | 69.20 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 38 | 22 | 0 | 0 | --31:15:31 | 30:44:49 | -8.41 | 71.19 | -5.13 | 69.05 | -16.98 | 71.58 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |