The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -146 | 185 | 0 | 0 | -14:51:55 | 00:32:05 | -1.51 | 83.39 | -1.27 | 79.70 | -0.27 | 77.31 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -138 | 180 | 0 | 0 | -27:58:33 | 00:32:46 | 1.70 | 84.05 | 1.16 | 80.12 | 0.60 | 78.59 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server120 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server121 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server122 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 49 | 80 | 0 | 0 | -38:26:47 | 01:03:20 | -1.20 | 82.74 | -0.77 | 79.47 | -0.22 | 81.24 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 123 | 37 | 0 | 0 | -41:37:29 | 02:07:10 | -1.58 | 79.71 | -0.88 | 77.84 | -1.49 | 88.62 | - | - | - | - | server129 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server130 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader2 | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server131 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -154 | 189 | 0 | 0 | -00:06:27 | 00:31:32 | 30.08 | 83.60 | 23.91 | 79.75 | 15.01 | 77.95 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -83 | 149 | 0 | 0 | -05:01:03 | 00:08:16 | 10.92 | 84.37 | 8.51 | 80.18 | 11.75 | 77.46 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -157 | 192 | 0 | 0 | --1:37:59 | 00:28:46 | 0.72 | 83.55 | 0.73 | 79.79 | 0.02 | 78.17 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -106 | 164 | 0 | 0 | --1:25:24 | 00:35:08 | 30.65 | 85.45 | 27.33 | 81.12 | 10.75 | 78.16 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server61 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server62 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 192 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server65 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -158 | 189 | 0 | 0 | -32:14:50 | 00:31:32 | 18.94 | 83.42 | 15.28 | 79.71 | 7.86 | 77.89 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -159 | 191 | 0 | 0 | -26:32:29 | 00:31:18 | 18.58 | 83.51 | 14.98 | 79.77 | 9.11 | 78.17 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -116 | 167 | 0 | 0 | -04:31:37 | 00:28:07 | 14.75 | 83.44 | 12.27 | 79.65 | 7.21 | 77.65 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -96 | 192 | 0 | 0 | --1:59:59 | 00:31:11 | 0.07 | 83.55 | 0.06 | 79.79 | 0.08 | 78.17 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |