The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 136 | 20 | 0 | 0 | --4:44:09 | 03:16:49 | -13.34 | 66.26 | -9.88 | 66.14 | -23.08 | 64.84 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 48 | 74 | 0 | 0 | -68:11:22 | 04:06:43 | -6.87 | 69.84 | -5.84 | 68.33 | -3.16 | 71.82 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 26 | 77 | 0 | 0 | -70:17:05 | 04:19:30 | -17.96 | 66.40 | -14.46 | 65.88 | -18.09 | 63.24 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -10 | 100 | 0 | 0 | -27:55:35 | 04:11:27 | 10.39 | 67.48 | 5.53 | 66.69 | 13.40 | 69.83 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 51 | 71 | 0 | 0 | -10:44:50 | 04:06:29 | -1.92 | 69.94 | -2.23 | 68.44 | 2.24 | 71.34 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -7 | 97 | 0 | 0 | --3:16:37 | 04:14:14 | 17.59 | 67.13 | 14.62 | 66.48 | 16.06 | 68.74 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -4 | 97 | 0 | 0 | -09:30:15 | 04:12:18 | -4.47 | 67.46 | -4.09 | 66.76 | 2.07 | 69.00 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -9 | 100 | 0 | 0 | --5:49:06 | 04:15:54 | 7.80 | 67.39 | 7.40 | 66.63 | 8.83 | 69.42 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 95 | 49 | 0 | 0 | -06:53:01 | 03:55:39 | 6.93 | 69.39 | 4.23 | 68.20 | 12.79 | 72.92 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 178 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -2 | 96 | 0 | 0 | -36:56:45 | 04:11:14 | 6.34 | 67.64 | 5.52 | 66.83 | 7.33 | 69.92 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 10 | 89 | 0 | 0 | --5:48:53 | 04:11:29 | 18.44 | 68.23 | 18.14 | 67.23 | 18.57 | 69.92 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 95 | 0 | 0 | -47:45:01 | 04:16:05 | 4.27 | 67.27 | 3.76 | 66.56 | 3.63 | 68.61 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 49 | 70 | 0 | 0 | --1:22:57 | 03:36:03 | 21.95 | 66.76 | 18.08 | 66.37 | 21.56 | 68.94 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 83 | 58 | 0 | 0 | --1:16:31 | 03:39:53 | 23.31 | 65.57 | 19.50 | 65.49 | 26.41 | 68.58 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 147 | 18 | 0 | 0 | -00:42:17 | 02:18:18 | 21.71 | 65.55 | 19.03 | 66.14 | 22.74 | 75.39 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 135 | 23 | 0 | 0 | -00:36:30 | 02:34:29 | 15.62 | 65.77 | 12.74 | 66.11 | 11.07 | 71.59 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 54 | 63 | 0 | 0 | --1:09:42 | 03:44:33 | 21.61 | 67.26 | 17.58 | 66.61 | 28.03 | 72.03 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -11 | 100 | 0 | 0 | -25:14:50 | 04:14:28 | 3.73 | 67.33 | 3.01 | 66.59 | 1.39 | 69.42 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -5 | 99 | 0 | 0 | -21:14:39 | 04:12:30 | 3.59 | 67.49 | 2.75 | 66.67 | 2.82 | 68.55 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -7 | 99 | 0 | 0 | -22:36:42 | 04:11:54 | -16.41 | 67.60 | -13.19 | 66.80 | -14.56 | 69.07 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -12 | 101 | 0 | 0 | -25:52:21 | 04:13:08 | -16.62 | 67.35 | -13.37 | 66.60 | -14.69 | 69.42 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 18 | 88 | 0 | 0 | -58:51:43 | 04:09:10 | -14.22 | 68.98 | -11.58 | 67.84 | -11.81 | 71.61 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 114 | 33 | 0 | 0 | --4:15:21 | 03:46:43 | -12.10 | 66.91 | -8.67 | 66.69 | -23.39 | 62.98 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |