The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 275 | 74 | 0 | 0 | --4:28:10 | 03:32:28 | -13.08 | 69.45 | -10.05 | 68.55 | -14.89 | 66.83 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 34 | 297 | 0 | 0 | -63:17:15 | 04:18:20 | -2.85 | 71.52 | -2.57 | 69.82 | -0.06 | 68.43 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 62 | 274 | 0 | 0 | -10:37:16 | 04:10:39 | -1.46 | 71.43 | -1.63 | 69.81 | 1.28 | 66.95 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -21 | 349 | 0 | 0 | --3:14:17 | 04:20:21 | 15.09 | 71.55 | 12.48 | 69.84 | 9.64 | 68.85 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -16 | 346 | 0 | 0 | -06:11:56 | 04:17:33 | -2.30 | 71.69 | -2.16 | 69.95 | 2.70 | 69.05 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -23 | 351 | 0 | 0 | --5:42:15 | 04:23:28 | 7.21 | 71.53 | 6.78 | 69.82 | 5.69 | 69.04 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 168 | 173 | 0 | 0 | -07:14:14 | 04:24:38 | 4.85 | 72.17 | 3.38 | 70.32 | 6.38 | 70.71 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 353 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 19 | 314 | 0 | 0 | -36:22:45 | 04:18:32 | 6.47 | 71.97 | 5.45 | 70.14 | 4.39 | 69.54 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 33 | 297 | 0 | 0 | --5:42:58 | 04:17:42 | 16.06 | 73.04 | 15.51 | 70.87 | 11.83 | 68.04 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 32 | 303 | 0 | 0 | -50:13:47 | 04:14:17 | 4.82 | 71.87 | 3.80 | 70.07 | 2.37 | 69.21 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 112 | 228 | 0 | 0 | --1:08:47 | 03:52:21 | 16.58 | 70.79 | 13.75 | 69.48 | 15.69 | 66.04 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 161 | 181 | 0 | 0 | --1:07:46 | 03:57:17 | 19.00 | 68.43 | 16.09 | 67.79 | 17.44 | 63.20 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 286 | 64 | 0 | 0 | --1:41:29 | 03:36:13 | 20.72 | 65.93 | 17.59 | 66.53 | 12.39 | 68.61 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 274 | 75 | 0 | 0 | --1:59:25 | 03:19:58 | 17.19 | 68.43 | 13.53 | 67.77 | 11.55 | 72.11 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 126 | 212 | 0 | 0 | --2:59:41 | 03:59:32 | 17.00 | 70.28 | 13.78 | 68.97 | 15.84 | 66.54 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 46 | 291 | 0 | 0 | -30:04:03 | 04:12:12 | 4.10 | 71.78 | 3.06 | 70.03 | 0.92 | 69.39 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 15 | 318 | 0 | 0 | -26:11:08 | 04:17:23 | 3.40 | 71.81 | 2.65 | 70.00 | 0.16 | 69.37 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -18 | 346 | 0 | 0 | -33:39:16 | 04:18:30 | -14.56 | 71.67 | -11.69 | 69.93 | -10.88 | 68.98 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -22 | 350 | 0 | 0 | -38:21:40 | 04:17:59 | -14.19 | 71.69 | -11.49 | 69.93 | -10.40 | 69.08 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 7 | 322 | 0 | 0 | -58:14:59 | 04:17:43 | -13.07 | 71.90 | -10.39 | 70.11 | -9.88 | 69.38 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 237 | 109 | 0 | 0 | --4:14:31 | 03:46:46 | -10.02 | 70.70 | -7.20 | 69.53 | -15.27 | 65.49 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |