The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 42 | 14 | 0 | 0 | --4:39:48 | 03:21:07 | -10.19 | 71.78 | -7.18 | 69.40 | -16.01 | 73.07 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 56 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -4 | 56 | 0 | 0 | -67:58:32 | 04:27:07 | -14.76 | 71.80 | -12.07 | 69.97 | -13.53 | 72.76 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -4 | 56 | 0 | 0 | -27:42:13 | 04:27:07 | 11.47 | 71.80 | 7.44 | 69.97 | 16.08 | 72.76 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -4 | 56 | 0 | 0 | -62:28:00 | 04:27:07 | -8.98 | 71.80 | -7.69 | 69.97 | -5.20 | 72.76 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -4 | 56 | 0 | 0 | -72:26:54 | 04:27:07 | -14.60 | 71.80 | -12.25 | 69.97 | -12.43 | 72.76 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 1 | 52 | 0 | 0 | -22:50:47 | 04:13:31 | -11.41 | 72.38 | -9.08 | 70.42 | -11.89 | 76.70 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 56 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -2 | 55 | 0 | 0 | -66:54:59 | 04:28:04 | -13.66 | 72.60 | -11.24 | 70.57 | -6.88 | 75.76 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 11 | 41 | 0 | 0 | -76:14:58 | 04:26:19 | 13.28 | 73.27 | 5.30 | 71.18 | 19.02 | 73.75 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -4 | 56 | 0 | 0 | -61:59:28 | 04:27:07 | -14.33 | 71.80 | -11.99 | 69.97 | -8.04 | 72.76 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 12 | 42 | 0 | 0 | -56:54:35 | 04:19:29 | -14.64 | 70.97 | -12.01 | 69.69 | -11.85 | 69.09 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -3 | 55 | 0 | 0 | --4:59:27 | 04:31:15 | 16.90 | 71.75 | 13.98 | 69.93 | 15.52 | 72.76 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 0 | 53 | 0 | 0 | -08:21:39 | 04:25:21 | -2.08 | 72.31 | -2.15 | 70.41 | 7.10 | 73.95 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -3 | 55 | 0 | 0 | --5:23:59 | 04:41:32 | 7.57 | 71.43 | 7.17 | 69.70 | 11.09 | 72.76 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 37 | 17 | 0 | 0 | -04:26:47 | 04:14:23 | 11.13 | 74.56 | 6.73 | 72.67 | 4.70 | 81.09 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 56 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 5 | 48 | 0 | 0 | -38:11:32 | 04:17:51 | 7.67 | 71.39 | 5.94 | 69.68 | 7.97 | 72.97 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 4 | 48 | 0 | 0 | --5:41:46 | 04:18:33 | 18.86 | 73.54 | 18.21 | 71.22 | 16.32 | 72.99 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 1 | 51 | 0 | 0 | -46:20:56 | 04:30:24 | 4.86 | 71.43 | 3.49 | 69.64 | 6.45 | 72.76 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 19 | 37 | 0 | 0 | --1:13:19 | 03:50:22 | 21.34 | 69.91 | 17.56 | 69.02 | 19.03 | 59.75 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 27 | 28 | 0 | 0 | --1:12:05 | 03:48:17 | 24.37 | 66.23 | 20.04 | 66.14 | 19.07 | 55.94 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 49 | 6 | 0 | 0 | -00:11:39 | 02:36:59 | 23.21 | 57.51 | 18.61 | 60.30 | 17.50 | 100.00 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 47 | 9 | 0 | 0 | -00:42:31 | 02:47:16 | 22.91 | 66.07 | 17.75 | 65.81 | 58.44 | 93.32 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 19 | 36 | 0 | 0 | --2:46:16 | 04:14:35 | 21.62 | 68.97 | 17.90 | 68.12 | 21.30 | 66.20 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -4 | 56 | 0 | 0 | -26:04:26 | 04:27:07 | 4.09 | 71.80 | 3.09 | 69.97 | 3.57 | 72.76 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 51 | 0 | 0 | -22:42:35 | 04:21:59 | 3.74 | 70.96 | 3.15 | 69.31 | 0.63 | 70.62 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 1 | 51 | 0 | 0 | -11:34:36 | 04:24:19 | -14.77 | 71.86 | -12.13 | 70.10 | -12.54 | 72.43 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -4 | 56 | 0 | 0 | -17:15:02 | 04:27:07 | -14.43 | 71.80 | -12.00 | 69.97 | -9.48 | 72.76 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 26 | 27 | 0 | 0 | -56:08:18 | 04:20:15 | -11.62 | 74.72 | -9.69 | 72.45 | -7.44 | 80.39 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 34 | 21 | 0 | 0 | --4:11:34 | 03:48:46 | -6.00 | 73.76 | -2.87 | 71.53 | -15.48 | 73.07 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |