The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 42 | 8 | 0 | 0 | --4:39:48 | 03:21:07 | -18.52 | 63.24 | -12.52 | 63.32 | -44.01 | 48.87 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 56 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -4 | 27 | 0 | 0 | -67:58:32 | 04:27:07 | -24.01 | 60.52 | -18.71 | 61.88 | -25.61 | 62.22 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -4 | 27 | 0 | 0 | -27:42:13 | 04:27:07 | 5.96 | 60.52 | 3.11 | 61.88 | 11.47 | 62.22 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -4 | 27 | 0 | 0 | -62:28:00 | 04:27:07 | -16.15 | 60.52 | -12.98 | 61.88 | -19.49 | 62.22 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -4 | 27 | 0 | 0 | -72:26:54 | 04:27:07 | -24.14 | 60.52 | -18.91 | 61.88 | -26.60 | 62.22 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 1 | 26 | 0 | 0 | -22:50:47 | 04:13:31 | -20.27 | 61.09 | -15.45 | 62.29 | -23.05 | 68.24 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 56 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -2 | 26 | 0 | 0 | -66:54:59 | 04:28:04 | -22.48 | 61.77 | -17.26 | 62.85 | -18.38 | 67.26 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 11 | 20 | 0 | 0 | -76:14:58 | 04:26:19 | 3.40 | 63.45 | -2.32 | 63.99 | -2.75 | 63.59 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -4 | 27 | 0 | 0 | -61:59:28 | 04:27:07 | -24.39 | 60.52 | -18.87 | 61.88 | -24.23 | 62.22 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 12 | 19 | 0 | 0 | -56:54:35 | 04:19:29 | -27.28 | 57.80 | -20.82 | 60.30 | -31.16 | 56.83 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -3 | 26 | 0 | 0 | --4:59:27 | 04:31:15 | 22.59 | 59.98 | 20.18 | 61.49 | 21.11 | 62.22 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 0 | 26 | 0 | 0 | -08:21:39 | 04:25:21 | -8.35 | 60.70 | -7.03 | 62.18 | 0.79 | 62.22 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -3 | 27 | 0 | 0 | --5:23:59 | 04:41:32 | 12.37 | 60.52 | 12.37 | 61.88 | 15.57 | 62.22 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 37 | 11 | 0 | 0 | -04:26:47 | 04:14:23 | 11.57 | 66.13 | 6.80 | 66.34 | 4.70 | 81.09 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 56 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 5 | 23 | 0 | 0 | -38:11:32 | 04:17:51 | 8.86 | 60.65 | 6.63 | 62.07 | 8.17 | 62.59 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 4 | 21 | 0 | 0 | --5:41:46 | 04:18:33 | 24.80 | 62.47 | 25.26 | 63.25 | 26.12 | 61.39 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 1 | 24 | 0 | 0 | -46:20:56 | 04:30:24 | 5.45 | 59.94 | 4.23 | 61.38 | 6.61 | 62.22 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 19 | 18 | 0 | 0 | --1:13:19 | 03:50:22 | 26.30 | 57.45 | 22.22 | 60.25 | 19.58 | 50.50 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 27 | 17 | 0 | 0 | --1:12:05 | 03:48:17 | 27.66 | 57.46 | 22.89 | 60.13 | 21.09 | 50.50 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 49 | 5 | 0 | 0 | -00:11:39 | 02:36:59 | 24.87 | 58.48 | 21.40 | 61.37 | 17.50 | 100.00 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 47 | 5 | 0 | 0 | -00:42:31 | 02:47:16 | 22.08 | 58.17 | 17.98 | 60.37 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 19 | 19 | 0 | 0 | --2:46:16 | 04:14:35 | 26.59 | 57.80 | 22.06 | 60.30 | 26.34 | 56.83 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -4 | 27 | 0 | 0 | -26:04:26 | 04:27:07 | 4.25 | 60.52 | 3.32 | 61.88 | 1.09 | 62.22 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 26 | 0 | 0 | -22:42:35 | 04:21:59 | 3.12 | 60.64 | 2.97 | 61.99 | -1.49 | 57.50 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 1 | 25 | 0 | 0 | -11:34:36 | 04:24:19 | -23.79 | 60.97 | -18.40 | 62.26 | -29.42 | 58.44 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -4 | 27 | 0 | 0 | -17:15:02 | 04:27:07 | -24.59 | 60.52 | -19.07 | 61.88 | -26.01 | 62.22 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 26 | 14 | 0 | 0 | -56:08:18 | 04:20:15 | -16.84 | 64.46 | -13.42 | 65.27 | -22.97 | 69.68 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 34 | 10 | 0 | 0 | --4:11:34 | 03:48:46 | -14.57 | 63.45 | -8.73 | 64.25 | -43.88 | 48.87 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |