The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 141 | 20 | 0 | 0 | --23:41:12 | 22:19:44 | -19.18 | 61.37 | -13.34 | 63.43 | -37.43 | 50.48 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 53 | 77 | 0 | 0 | -47:27:32 | 25:20:17 | -11.22 | 65.89 | -8.97 | 65.50 | -8.03 | 66.59 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 31 | 81 | 0 | 0 | -48:39:48 | 26:00:42 | -21.79 | 62.92 | -17.39 | 63.19 | -19.78 | 61.60 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -5 | 104 | 0 | 0 | -06:46:01 | 25:54:16 | 6.95 | 63.82 | 2.68 | 63.88 | 9.29 | 65.48 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 56 | 74 | 0 | 0 | --10:08:00 | 25:11:21 | -5.56 | 66.11 | -4.92 | 65.68 | -1.71 | 66.10 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -2 | 100 | 0 | 0 | --25:30:58 | 26:01:58 | 14.07 | 63.60 | 11.78 | 63.64 | 12.98 | 63.97 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 1 | 101 | 0 | 0 | --12:09:01 | 25:47:22 | -8.34 | 63.89 | -7.05 | 63.98 | -2.19 | 64.56 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -4 | 103 | 0 | 0 | --27:51:14 | 26:13:54 | 4.23 | 63.86 | 4.42 | 63.70 | 6.40 | 64.99 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 100 | 50 | 0 | 0 | --13:04:21 | 24:00:37 | 3.01 | 65.19 | 1.01 | 65.19 | 2.66 | 62.79 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 183 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 3 | 101 | 0 | 0 | -15:40:17 | 25:55:05 | 2.64 | 63.64 | 2.51 | 63.73 | 4.53 | 65.72 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 15 | 92 | 0 | 0 | --27:36:25 | 26:23:57 | 16.13 | 65.07 | 16.09 | 64.43 | 16.79 | 65.76 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 5 | 98 | 0 | 0 | -26:23:54 | 25:48:31 | 0.85 | 63.91 | 0.93 | 63.82 | 1.54 | 64.41 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 54 | 70 | 0 | 0 | --22:33:20 | 24:27:07 | 19.29 | 63.67 | 15.94 | 63.93 | 17.73 | 63.12 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 88 | 57 | 0 | 0 | --22:04:24 | 24:56:10 | 21.32 | 63.48 | 17.37 | 63.22 | 23.25 | 62.90 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 152 | 16 | 0 | 0 | --17:23:04 | 19:47:09 | 19.58 | 63.96 | 16.81 | 64.06 | 10.02 | 56.70 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 140 | 23 | 0 | 0 | --18:53:30 | 20:25:29 | 11.35 | 61.71 | 9.52 | 63.86 | 7.36 | 67.88 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 59 | 63 | 0 | 0 | --22:22:40 | 24:33:42 | 18.90 | 64.09 | 15.43 | 64.13 | 25.97 | 67.59 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -6 | 104 | 0 | 0 | -03:53:27 | 26:03:20 | 0.35 | 63.69 | 0.20 | 63.73 | -0.80 | 64.99 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -2 | 104 | 0 | 0 | -01:14:36 | 25:53:05 | -20.42 | 63.81 | -16.29 | 63.88 | -17.98 | 65.27 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -7 | 105 | 0 | 0 | -04:24:57 | 25:58:06 | -20.42 | 63.70 | -16.44 | 63.77 | -18.28 | 64.99 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 23 | 93 | 0 | 0 | -37:11:24 | 25:40:07 | -18.62 | 64.82 | -14.77 | 64.80 | -16.03 | 66.78 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 5 | 99 | 0 | 0 | --22:45:21 | 25:27:09 | -3.59 | 63.90 | -2.75 | 63.92 | -2.82 | 65.73 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 119 | 33 | 0 | 0 | --24:23:43 | 23:38:21 | -15.84 | 63.74 | -11.06 | 64.73 | -20.72 | 65.64 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |