The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 141 | 41 | 0 | 0 | --23:41:12 | 22:19:44 | -13.77 | 69.32 | -10.39 | 68.48 | -13.44 | 72.48 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 53 | 129 | 0 | 0 | -47:27:32 | 25:20:17 | -8.71 | 69.83 | -6.78 | 68.69 | -6.10 | 70.05 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 31 | 145 | 0 | 0 | -48:39:48 | 26:00:42 | -17.79 | 68.51 | -14.15 | 67.60 | -14.22 | 68.61 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -5 | 181 | 0 | 0 | -06:46:01 | 25:54:16 | 9.22 | 69.07 | 5.13 | 67.95 | 11.74 | 70.40 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 56 | 126 | 0 | 0 | --10:08:00 | 25:11:21 | -4.07 | 70.05 | -3.36 | 68.87 | -1.64 | 69.83 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -2 | 178 | 0 | 0 | --25:30:58 | 26:01:58 | 11.46 | 69.17 | 9.81 | 67.98 | 9.66 | 69.62 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 1 | 175 | 0 | 0 | --12:09:01 | 25:47:22 | -5.43 | 69.19 | -4.52 | 68.07 | 0.82 | 70.39 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -4 | 180 | 0 | 0 | --27:51:14 | 26:13:54 | 2.46 | 69.17 | 3.02 | 67.94 | 4.29 | 70.04 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 100 | 80 | 0 | 0 | --13:04:21 | 24:00:37 | 2.14 | 69.89 | 1.03 | 68.91 | 4.34 | 71.50 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 183 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 3 | 176 | 0 | 0 | -15:40:17 | 25:55:05 | 2.17 | 68.91 | 2.41 | 67.84 | 2.43 | 70.23 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 15 | 161 | 0 | 0 | --27:36:25 | 26:23:57 | 12.52 | 70.82 | 12.75 | 68.94 | 12.77 | 72.35 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 5 | 171 | 0 | 0 | -26:23:54 | 25:48:31 | 0.65 | 68.99 | 0.73 | 67.81 | 1.80 | 69.69 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 54 | 124 | 0 | 0 | --22:33:20 | 24:27:07 | 14.16 | 68.88 | 11.93 | 67.92 | 15.66 | 66.86 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 88 | 91 | 0 | 0 | --22:04:24 | 24:56:10 | 16.79 | 68.48 | 13.90 | 67.22 | 21.97 | 66.99 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 152 | 29 | 0 | 0 | --17:23:04 | 19:47:09 | 12.73 | 68.05 | 11.38 | 67.60 | 3.10 | 66.49 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 140 | 42 | 0 | 0 | --18:53:30 | 20:25:29 | 8.36 | 65.01 | 7.34 | 66.11 | 6.32 | 66.07 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 59 | 118 | 0 | 0 | --22:22:40 | 24:33:42 | 13.62 | 68.82 | 11.53 | 67.86 | 18.88 | 71.03 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -6 | 182 | 0 | 0 | -03:53:27 | 26:03:20 | 0.26 | 69.10 | 0.20 | 67.93 | 0.12 | 70.04 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -2 | 179 | 0 | 0 | -01:14:36 | 25:53:05 | -17.28 | 68.98 | -13.78 | 67.91 | -13.93 | 70.27 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -7 | 183 | 0 | 0 | -04:24:57 | 25:58:06 | -16.73 | 69.07 | -13.55 | 67.93 | -13.05 | 70.04 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 23 | 156 | 0 | 0 | -37:11:24 | 25:40:07 | -16.00 | 69.61 | -12.57 | 68.52 | -12.71 | 71.38 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 5 | 172 | 0 | 0 | --22:45:21 | 25:27:09 | -4.15 | 69.28 | -3.01 | 68.04 | -3.05 | 71.55 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 119 | 61 | 0 | 0 | --24:23:43 | 23:38:21 | -11.75 | 70.35 | -8.58 | 69.03 | -12.36 | 75.00 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |