The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 12 | 1 | 0 | 0 | --3:35:03 | 02:25:17 | -31.24 | 56.02 | -27.10 | 53.88 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 6 | 0 | 0 | -72:00:16 | 04:38:01 | -26.08 | 61.09 | -21.00 | 61.01 | -24.26 | 54.47 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 6 | 0 | 0 | -36:49:18 | 04:38:01 | 7.68 | 61.09 | 5.78 | 61.01 | 28.38 | 54.47 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 6 | 0 | 0 | -44:17:18 | 04:38:01 | -24.73 | 61.09 | -20.26 | 61.01 | -23.14 | 54.47 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 6 | 0 | 0 | -73:46:37 | 04:38:01 | -23.58 | 61.09 | -20.27 | 61.01 | -23.82 | 54.47 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 3 | 5 | 0 | 0 | -34:13:11 | 03:53:08 | -1.62 | 64.15 | -2.24 | 62.98 | 0.02 | 94.82 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -1 | 6 | 0 | 0 | -68:25:10 | 04:38:01 | -24.19 | 61.09 | -20.10 | 61.01 | -23.86 | 54.47 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -1 | 6 | 0 | 0 | -75:10:44 | 04:38:01 | -15.68 | 61.09 | -11.32 | 61.01 | -9.75 | 54.47 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 6 | 0 | 0 | -43:20:58 | 04:38:01 | -25.47 | 61.09 | -20.26 | 61.01 | -22.97 | 54.47 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -1 | 6 | 0 | 0 | -22:42:37 | 04:38:01 | -25.24 | 61.09 | -20.15 | 61.01 | -24.45 | 54.47 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -1 | 6 | 0 | 0 | -54:16:01 | 04:38:01 | -23.90 | 61.09 | -19.48 | 61.01 | -23.64 | 54.47 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -1 | 6 | 0 | 0 | -20:23:36 | 04:38:01 | -24.77 | 61.09 | -19.94 | 61.01 | -22.88 | 54.47 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 0 | 5 | 0 | 0 | --4:05:55 | 04:56:18 | 19.59 | 58.39 | 13.17 | 58.84 | 14.26 | 54.47 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 5 | 0 | 0 | -51:23:27 | 04:32:28 | -11.87 | 62.10 | -9.50 | 62.44 | -8.51 | 54.47 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 0 | 6 | 0 | 0 | --6:45:53 | 05:19:19 | 15.61 | 61.09 | 12.69 | 61.01 | 8.40 | 54.47 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -1 | 6 | 0 | 0 | -37:53:11 | 04:38:01 | 8.44 | 61.09 | 6.35 | 61.01 | -17.16 | 54.47 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 2 | 4 | 0 | 0 | --5:00:31 | 04:59:48 | 38.96 | 62.49 | 36.58 | 62.83 | 16.66 | 54.47 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -1 | 6 | 0 | 0 | -57:15:06 | 04:38:01 | 6.89 | 61.09 | 4.57 | 61.01 | -21.23 | 54.47 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 1 | 5 | 0 | 0 | --1:40:00 | 03:43:24 | 29.32 | 60.49 | 22.13 | 60.98 | -42.14 | 14.11 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 3 | 5 | 0 | 0 | --1:56:31 | 03:22:51 | 30.03 | 60.49 | 21.10 | 60.98 | -39.58 | 14.11 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 12 | 0 | 0 | 0 | -01:32:17 | 00:28:54 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 12 | 1 | 0 | 0 | -02:05:02 | 01:15:08 | 35.02 | 56.02 | 21.74 | 53.88 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 0 | 6 | 0 | 0 | --2:37:03 | 04:38:01 | 29.73 | 61.09 | 21.66 | 61.01 | 12.40 | 54.47 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 6 | 0 | 0 | -24:42:52 | 04:38:01 | 4.54 | 61.09 | 3.85 | 61.01 | -22.42 | 54.47 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 1 | 6 | 0 | 0 | -21:25:36 | 04:30:07 | 2.50 | 61.09 | 3.46 | 61.01 | -23.18 | 54.47 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -1 | 6 | 0 | 0 | -10:21:44 | 04:38:01 | -24.93 | 61.09 | -20.37 | 61.01 | -24.57 | 54.47 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 6 | 0 | 0 | -09:03:22 | 04:38:01 | -24.88 | 61.09 | -20.49 | 61.01 | -24.75 | 54.47 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 7 | 1 | 0 | 0 | --5:21:15 | 04:39:07 | -31.26 | 56.02 | -27.06 | 53.88 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |