The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 13 | 1 | 0 | 0 | --30:12:51 | 29:47:29 | -42.56 | 44.70 | -35.33 | 45.65 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 6 | 0 | 0 | -46:42:45 | 29:55:22 | -30.62 | 56.55 | -24.85 | 57.16 | -1.84 | 76.88 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 6 | 0 | 0 | -11:31:51 | 29:55:22 | 3.13 | 56.55 | 1.93 | 57.16 | 50.80 | 76.88 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 6 | 0 | 0 | -18:59:50 | 29:55:22 | -29.27 | 56.55 | -24.11 | 57.16 | -0.72 | 76.88 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 6 | 0 | 0 | -48:29:28 | 29:55:22 | -28.13 | 56.55 | -24.12 | 57.16 | -1.41 | 76.88 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 5 | 0 | 0 | -11:29:47 | 26:36:32 | -8.49 | 57.27 | -7.25 | 57.97 | -2.38 | 92.42 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 0 | 6 | 0 | 0 | -43:06:22 | 29:55:22 | -28.74 | 56.55 | -23.96 | 57.16 | -1.45 | 76.88 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -49:53:15 | 29:55:22 | -20.23 | 56.55 | -15.18 | 57.16 | 12.67 | 76.88 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 6 | 0 | 0 | -18:03:32 | 29:55:22 | -30.01 | 56.55 | -24.11 | 57.16 | -0.55 | 76.88 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 0 | 6 | 0 | 0 | --3:15:03 | 29:55:22 | -29.78 | 56.55 | -24.01 | 57.16 | -2.03 | 76.88 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -28:58:34 | 29:55:22 | -28.44 | 56.55 | -23.33 | 57.16 | -1.22 | 76.88 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 0 | 6 | 0 | 0 | --5:06:14 | 29:55:22 | -29.31 | 56.55 | -23.79 | 57.16 | -0.46 | 76.88 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 5 | 0 | 0 | --31:59:15 | 31:03:26 | 17.98 | 56.78 | 11.24 | 56.91 | 36.68 | 76.88 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 5 | 0 | 0 | -27:34:34 | 28:21:21 | -15.06 | 58.91 | -12.48 | 59.46 | 13.91 | 76.88 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 6 | 0 | 0 | --32:21:25 | 31:43:44 | 11.07 | 56.55 | 8.84 | 57.16 | 30.82 | 76.88 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | -12:56:42 | 29:55:22 | 3.89 | 56.55 | 2.49 | 57.16 | 5.26 | 76.88 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 4 | 0 | 0 | --30:19:10 | 29:41:10 | 35.53 | 59.05 | 32.51 | 58.77 | 39.08 | 76.88 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | -32:55:20 | 29:55:22 | 2.35 | 56.55 | 0.72 | 57.16 | 1.19 | 76.88 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 2 | 5 | 0 | 0 | --26:12:13 | 29:11:11 | 24.14 | 55.31 | 18.06 | 56.91 | 5.10 | 61.35 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 4 | 5 | 0 | 0 | --25:39:21 | 27:40:01 | 24.85 | 55.31 | 17.03 | 56.91 | 7.66 | 61.35 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 13 | 0 | 0 | 0 | --21:38:15 | 24:46:36 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 1 | 0 | 0 | --17:42:21 | 19:37:49 | 23.70 | 44.70 | 13.51 | 45.65 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 1 | 6 | 0 | 0 | --27:54:11 | 29:20:53 | 25.18 | 56.55 | 17.81 | 57.16 | 34.81 | 76.88 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 6 | 0 | 0 | --3:44:43 | 28:44:33 | -2.04 | 56.55 | -0.40 | 57.16 | -0.77 | 76.88 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 6 | 0 | 0 | --16:29:43 | 29:55:22 | -29.47 | 56.55 | -24.22 | 57.16 | -2.15 | 76.88 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 6 | 0 | 0 | --16:33:54 | 29:55:22 | -29.42 | 56.55 | -24.35 | 57.16 | -2.33 | 76.88 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 6 | 0 | 0 | --25:17:08 | 29:20:53 | -4.54 | 56.55 | -3.85 | 57.16 | 22.42 | 76.88 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 8 | 1 | 0 | 0 | --36:28:13 | 35:32:08 | -42.59 | 44.70 | -35.29 | 45.65 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |