The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 9 | 1 | 0 | 0 | --3:34:09 | 02:26:11 | -64.41 | 22.85 | -47.22 | 33.76 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -4 | 5 | 0 | 0 | -73:19:47 | 03:19:22 | -55.70 | 30.46 | -41.48 | 39.88 | -6.91 | 53.69 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -4 | 5 | 0 | 0 | -38:08:52 | 03:19:22 | -21.83 | 30.46 | -14.53 | 39.88 | 37.49 | 53.69 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -4 | 5 | 0 | 0 | -45:36:51 | 03:19:22 | -54.43 | 30.46 | -40.83 | 39.88 | -6.45 | 53.69 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -4 | 5 | 0 | 0 | -75:05:48 | 03:19:22 | -52.76 | 30.46 | -40.59 | 39.88 | -7.70 | 53.69 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 0 | 4 | 0 | 0 | -28:10:27 | 02:18:07 | -24.94 | 34.28 | -14.61 | 45.73 | - | - | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -4 | 5 | 0 | 0 | -69:50:12 | 03:19:22 | -53.50 | 30.46 | -40.40 | 39.88 | -7.78 | 53.69 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -4 | 5 | 0 | 0 | -76:30:18 | 03:19:22 | -47.61 | 30.46 | -34.18 | 39.88 | -7.36 | 53.69 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -4 | 5 | 0 | 0 | -44:40:29 | 03:19:22 | -55.01 | 30.46 | -40.61 | 39.88 | -5.13 | 53.69 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -4 | 5 | 0 | 0 | -24:07:43 | 03:19:22 | -55.01 | 30.46 | -40.64 | 39.88 | -8.59 | 53.69 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -4 | 5 | 0 | 0 | -55:30:00 | 03:19:22 | -53.07 | 30.46 | -39.65 | 39.88 | -6.26 | 53.69 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -4 | 5 | 0 | 0 | -21:42:09 | 03:19:22 | -54.16 | 30.46 | -40.26 | 39.88 | -7.37 | 53.69 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -3 | 4 | 0 | 0 | --3:20:38 | 03:37:11 | -9.79 | 28.94 | -9.18 | 36.21 | 53.69 | 53.69 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 0 | 4 | 0 | 0 | -53:58:19 | 03:02:16 | -39.49 | 32.36 | -29.40 | 41.42 | -0.28 | 53.69 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -3 | 5 | 0 | 0 | --4:43:25 | 03:21:54 | -13.47 | 30.46 | -7.53 | 39.88 | 53.69 | 53.69 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -4 | 5 | 0 | 0 | -38:11:31 | 03:19:22 | -21.55 | 30.46 | -15.23 | 39.88 | -0.87 | 53.69 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -1 | 3 | 0 | 0 | --4:57:06 | 03:03:11 | 11.23 | 37.86 | 15.30 | 44.57 | -4.31 | 53.69 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -4 | 5 | 0 | 0 | -54:50:42 | 03:19:22 | -22.82 | 30.46 | -17.02 | 39.88 | -7.66 | 53.69 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -2 | 5 | 0 | 0 | --1:46:20 | 03:19:22 | -0.71 | 30.46 | 1.03 | 39.88 | -2.55 | 53.69 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 9 | 0 | 0 | 0 | -00:14:00 | 01:47:11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 9 | 1 | 0 | 0 | -00:57:58 | 02:22:12 | 1.84 | 22.85 | 1.62 | 33.76 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -3 | 5 | 0 | 0 | --1:37:26 | 03:19:22 | -0.71 | 30.46 | 1.03 | 39.88 | -2.55 | 53.69 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -4 | 5 | 0 | 0 | -24:20:39 | 03:19:22 | -24.85 | 30.46 | -17.03 | 39.88 | -7.66 | 53.69 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -2 | 5 | 0 | 0 | -21:56:02 | 03:13:25 | -27.07 | 30.46 | -17.49 | 39.88 | -8.42 | 53.69 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -4 | 5 | 0 | 0 | -13:51:21 | 03:19:22 | -54.28 | 30.46 | -40.76 | 39.88 | -7.85 | 53.69 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -4 | 5 | 0 | 0 | -11:39:46 | 03:19:22 | -54.43 | 30.46 | -41.07 | 39.88 | -8.23 | 53.69 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -3 | 5 | 0 | 0 | -00:03:29 | 03:19:22 | -30.03 | 30.46 | -21.10 | 39.88 | 39.58 | 53.69 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 4 | 1 | 0 | 0 | --4:04:40 | 03:55:43 | -64.44 | 22.85 | -47.18 | 33.76 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |