The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 9 | 2 | 0 | 0 | --3:34:09 | 02:26:11 | -46.60 | 23.78 | -39.21 | 29.01 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -4 | 11 | 0 | 0 | -73:19:47 | 03:19:22 | -41.18 | 39.95 | -32.65 | 45.67 | -21.92 | 41.59 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -4 | 11 | 0 | 0 | -38:08:52 | 03:19:22 | -15.55 | 39.95 | -13.13 | 45.67 | 20.42 | 41.59 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -4 | 11 | 0 | 0 | -45:36:51 | 03:19:22 | -39.68 | 39.95 | -32.09 | 45.67 | 0.13 | 41.59 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -4 | 11 | 0 | 0 | -75:05:48 | 03:19:22 | -38.80 | 39.95 | -32.13 | 45.67 | -12.62 | 41.59 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 0 | 8 | 0 | 0 | -28:10:27 | 02:18:07 | -25.41 | 39.21 | -18.32 | 46.26 | - | - | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -4 | 11 | 0 | 0 | -69:50:12 | 03:19:22 | -39.41 | 39.95 | -31.96 | 45.67 | -12.10 | 41.59 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -4 | 11 | 0 | 0 | -76:30:18 | 03:19:22 | -30.50 | 39.95 | -24.54 | 45.67 | -4.61 | 41.59 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -4 | 11 | 0 | 0 | -44:40:29 | 03:19:22 | -41.65 | 39.95 | -33.11 | 45.67 | 11.61 | 41.59 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -4 | 11 | 0 | 0 | -24:07:43 | 03:19:22 | -38.58 | 39.95 | -31.12 | 45.67 | 10.44 | 41.59 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -4 | 11 | 0 | 0 | -55:30:00 | 03:19:22 | -38.25 | 39.95 | -30.91 | 45.67 | 7.42 | 41.59 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -4 | 11 | 0 | 0 | -21:42:09 | 03:19:22 | -39.94 | 39.95 | -31.81 | 45.67 | -8.35 | 41.59 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -3 | 10 | 0 | 0 | --3:20:38 | 03:37:11 | -5.28 | 40.30 | -6.38 | 44.78 | 16.96 | 41.59 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 0 | 9 | 0 | 0 | -53:58:19 | 03:02:16 | -29.34 | 42.45 | -23.86 | 47.33 | -0.28 | 53.69 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -3 | 10 | 0 | 0 | --4:43:25 | 03:21:54 | -14.66 | 40.49 | -11.33 | 46.09 | 40.84 | 41.59 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -4 | 11 | 0 | 0 | -38:11:31 | 03:19:22 | -18.54 | 39.95 | -15.69 | 45.67 | 14.30 | 41.59 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -1 | 8 | 0 | 0 | --4:57:06 | 03:03:11 | -1.60 | 40.59 | 1.04 | 45.44 | 10.72 | 41.59 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -4 | 11 | 0 | 0 | -54:50:42 | 03:19:22 | -20.06 | 39.95 | -16.63 | 45.67 | 7.55 | 41.59 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -2 | 11 | 0 | 0 | --1:46:20 | 03:19:22 | -0.45 | 39.95 | 0.27 | 45.67 | 11.04 | 41.59 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 9 | 1 | 0 | 0 | -00:14:00 | 01:47:11 | 2.41 | 40.19 | 1.92 | 52.21 | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 9 | 2 | 0 | 0 | -00:57:58 | 02:22:12 | 2.13 | 31.52 | 1.77 | 42.98 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -3 | 11 | 0 | 0 | --1:37:26 | 03:19:22 | -0.45 | 39.95 | 0.27 | 45.67 | 11.04 | 41.59 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -4 | 11 | 0 | 0 | -24:20:39 | 03:19:22 | -21.20 | 39.95 | -16.60 | 45.67 | 4.19 | 41.59 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -2 | 10 | 0 | 0 | -21:56:02 | 03:13:25 | -24.18 | 36.24 | -17.33 | 43.32 | -7.75 | 41.59 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -4 | 11 | 0 | 0 | -13:51:21 | 03:19:22 | -40.21 | 39.95 | -32.37 | 45.67 | -15.30 | 41.59 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -4 | 11 | 0 | 0 | -11:39:46 | 03:19:22 | -37.65 | 39.95 | -31.14 | 45.67 | 10.63 | 41.59 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 11 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -3 | 11 | 0 | 0 | -00:03:29 | 03:19:22 | -28.65 | 39.95 | -21.59 | 45.67 | 8.22 | 41.59 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 4 | 4 | 0 | 0 | --4:04:40 | 03:55:43 | -23.37 | 50.16 | -19.18 | 50.10 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |