The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 13 | 1 | 0 | 0 | --77:36:46 | 76:23:34 | 2.73 | 89.99 | 3.01 | 83.99 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 6 | 0 | 0 | --36:49:06 | 76:38:07 | 33.76 | 87.17 | 26.78 | 82.01 | 52.64 | 78.73 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 6 | 0 | 0 | --28:17:05 | 76:38:07 | 1.35 | 87.17 | 0.74 | 82.01 | 1.12 | 78.73 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 6 | 0 | 0 | -01:46:43 | 76:38:07 | 2.49 | 87.17 | 0.73 | 82.01 | 0.44 | 78.73 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 5 | 0 | 0 | --39:29:52 | 76:36:27 | 21.31 | 87.08 | 16.62 | 81.84 | 2.05 | 96.85 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 0 | 6 | 0 | 0 | --4:23:37 | 76:38:07 | 1.88 | 87.17 | 0.89 | 82.01 | 0.40 | 78.73 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -03:10:30 | 76:38:07 | 10.39 | 87.17 | 9.67 | 82.01 | 14.51 | 78.73 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 6 | 0 | 0 | --29:20:47 | 76:38:07 | 0.61 | 87.17 | 0.74 | 82.01 | 1.29 | 78.73 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 0 | 6 | 0 | 0 | --50:32:18 | 76:38:07 | 0.84 | 87.17 | 0.84 | 82.01 | -0.19 | 78.73 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 0 | 6 | 0 | 0 | --18:15:49 | 76:38:07 | 2.18 | 87.17 | 1.52 | 82.01 | 0.62 | 78.73 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 0 | 6 | 0 | 0 | --52:23:29 | 76:38:07 | 1.31 | 87.17 | 1.06 | 82.01 | 1.38 | 78.73 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 5 | 0 | 0 | --76:25:30 | 76:37:11 | 48.74 | 87.54 | 36.69 | 82.35 | 38.52 | 78.73 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 5 | 0 | 0 | --21:16:01 | 76:39:54 | 12.63 | 86.60 | 9.67 | 81.61 | 15.75 | 78.73 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 6 | 0 | 0 | --77:27:59 | 76:37:10 | 41.69 | 87.17 | 33.69 | 82.01 | 32.66 | 78.73 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --34:13:57 | 76:38:07 | 34.51 | 87.17 | 27.34 | 82.01 | 7.10 | 78.73 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 4 | 0 | 0 | --77:20:55 | 76:39:25 | 63.86 | 87.39 | 56.08 | 82.33 | 40.92 | 78.73 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --14:12:35 | 76:38:07 | 32.97 | 87.17 | 25.57 | 82.01 | 3.03 | 78.73 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 2 | 5 | 0 | 0 | --74:43:59 | 76:39:25 | 54.98 | 86.16 | 42.51 | 81.37 | 4.35 | 60.60 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 4 | 5 | 0 | 0 | --74:40:13 | 76:39:09 | 55.70 | 86.16 | 41.48 | 81.37 | 6.91 | 60.60 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 13 | 0 | 0 | 0 | --73:43:23 | 76:41:28 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 1 | 0 | 0 | --74:43:16 | 76:36:54 | 68.99 | 89.99 | 51.85 | 83.99 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 1 | 6 | 0 | 0 | --74:36:47 | 76:38:17 | 55.80 | 87.17 | 42.66 | 82.01 | 36.66 | 78.73 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --47:17:15 | 76:38:07 | 30.62 | 87.17 | 24.85 | 82.01 | 1.84 | 78.73 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 6 | 0 | 0 | --51:51:44 | 76:37:32 | 28.58 | 87.17 | 24.45 | 82.01 | 1.08 | 78.73 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 6 | 0 | 0 | --63:46:58 | 76:38:07 | 1.15 | 87.17 | 0.63 | 82.01 | -0.31 | 78.73 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 6 | 0 | 0 | --63:51:09 | 76:38:07 | 1.20 | 87.17 | 0.50 | 82.01 | -0.49 | 78.73 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 6 | 0 | 0 | --73:59:44 | 76:38:17 | 26.08 | 87.17 | 21.00 | 82.01 | 24.26 | 78.73 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 8 | 1 | 0 | 0 | --77:23:20 | 76:37:01 | 2.71 | 89.99 | 3.06 | 83.99 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |