The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 110 | 33 | 0 | 0 | --75:42:42 | 74:18:24 | 2.31 | 84.70 | 2.32 | 80.61 | -1.64 | 85.12 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 22 | 92 | 0 | 0 | --2:07:46 | 75:58:57 | 7.12 | 86.15 | 5.77 | 81.64 | 6.82 | 81.51 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -36 | 151 | 0 | 0 | --40:31:29 | 74:40:59 | 25.83 | 86.31 | 18.76 | 81.79 | 24.20 | 82.95 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 25 | 91 | 0 | 0 | --58:12:57 | 76:00:10 | 12.50 | 86.08 | 9.70 | 81.60 | 11.31 | 81.51 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -33 | 148 | 0 | 0 | --74:50:58 | 74:39:46 | 28.78 | 86.37 | 23.67 | 81.78 | 24.97 | 82.83 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -30 | 146 | 0 | 0 | --60:58:31 | 74:39:21 | 11.85 | 86.28 | 9.27 | 81.77 | 15.51 | 83.30 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -35 | 150 | 0 | 0 | --75:31:41 | 74:33:05 | 20.50 | 86.40 | 17.52 | 81.82 | 18.64 | 82.99 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 69 | 64 | 0 | 0 | --66:45:37 | 77:03:38 | 17.07 | 85.35 | 13.15 | 81.44 | 10.14 | 79.01 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 152 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -28 | 142 | 0 | 0 | --34:36:33 | 74:58:58 | 20.00 | 86.25 | 16.49 | 81.74 | 17.18 | 82.76 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -16 | 135 | 0 | 0 | --75:32:09 | 74:28:12 | 28.96 | 86.83 | 26.20 | 82.02 | 24.32 | 82.65 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -26 | 141 | 0 | 0 | --23:54:29 | 74:48:41 | 18.22 | 86.20 | 14.68 | 81.72 | 15.87 | 82.63 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 23 | 99 | 0 | 0 | --72:24:49 | 74:32:16 | 32.99 | 86.40 | 27.17 | 82.04 | 30.04 | 81.18 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 57 | 70 | 0 | 0 | --72:35:54 | 74:28:09 | 33.66 | 85.94 | 27.80 | 81.55 | 33.37 | 80.74 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 121 | 20 | 0 | 0 | --72:58:03 | 74:16:49 | 26.60 | 78.74 | 23.41 | 77.70 | 12.17 | 72.77 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 109 | 31 | 0 | 0 | --72:11:37 | 75:08:15 | 25.77 | 80.67 | 21.37 | 78.86 | 28.81 | 84.11 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 28 | 93 | 0 | 0 | --72:12:30 | 74:47:04 | 32.35 | 86.32 | 26.73 | 82.03 | 33.10 | 83.32 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -37 | 151 | 0 | 0 | --45:17:02 | 74:41:05 | 17.80 | 86.44 | 14.14 | 81.87 | 14.06 | 82.99 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -31 | 145 | 0 | 0 | --49:20:12 | 74:40:30 | 17.79 | 86.30 | 14.15 | 81.75 | 14.22 | 82.83 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -33 | 147 | 0 | 0 | --50:27:41 | 75:16:26 | -0.42 | 86.23 | -0.28 | 81.75 | -0.32 | 82.53 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -38 | 152 | 0 | 0 | --44:20:15 | 74:42:40 | -0.01 | 86.32 | -0.10 | 81.79 | 1.26 | 82.99 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -8 | 122 | 0 | 0 | --14:10:10 | 76:30:23 | 0.12 | 86.17 | 0.34 | 81.70 | 0.26 | 82.59 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -26 | 140 | 0 | 0 | --71:42:55 | 74:36:35 | 13.20 | 86.29 | 10.96 | 81.75 | 10.15 | 82.67 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 88 | 53 | 0 | 0 | --75:01:42 | 75:00:33 | 4.35 | 85.49 | 4.67 | 81.37 | -2.30 | 85.67 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |