The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SAIS-Fold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 104 | 127 | 0 | 0 | --31:54:21 | 31:03:32 | -0.00 | 86.86 | 0.41 | 82.12 | 0.17 | 86.24 | - | - | - | - | server100 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -39 | 252 | 0 | 0 | --24:23:53 | 33:22:46 | -1.63 | 85.17 | -0.97 | 81.04 | -0.37 | 84.22 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -9 | 224 | 0 | 0 | -12:30:20 | 33:37:24 | 4.00 | 84.92 | 3.33 | 80.90 | 3.42 | 84.54 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server121 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 103 | 136 | 0 | 0 | -08:38:35 | 27:13:02 | -1.87 | 85.04 | -1.20 | 81.10 | 0.28 | 85.59 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepSHFold | 174 | 65 | 0 | 0 | -36:11:56 | 36:59:11 | -1.73 | 84.22 | -1.30 | 80.69 | -0.50 | 83.84 | - | - | - | - | server137 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -33 | 245 | 0 | 0 | --33:15:36 | 33:30:40 | 29.28 | 85.16 | 23.31 | 81.04 | 20.63 | 84.05 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -26 | 242 | 0 | 0 | --29:56:48 | 33:44:18 | 10.87 | 85.09 | 8.80 | 80.98 | 15.58 | 84.71 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -41 | 253 | 0 | 0 | --34:29:32 | 33:37:40 | 6.15 | 85.15 | 5.73 | 81.02 | 4.44 | 84.22 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 1 | 216 | 0 | 0 | --34:27:30 | 33:33:03 | 28.35 | 85.16 | 25.68 | 80.87 | 18.39 | 83.48 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server61 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server62 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 253 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server65 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -41 | 253 | 0 | 0 | -03:32:27 | 33:20:48 | 18.26 | 85.15 | 14.99 | 81.02 | 12.69 | 84.22 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -41 | 253 | 0 | 0 | --4:32:33 | 33:20:48 | 17.88 | 85.15 | 14.57 | 81.02 | 13.04 | 84.22 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -24 | 241 | 0 | 0 | --28:44:36 | 33:04:33 | 12.61 | 85.33 | 10.69 | 81.13 | 9.36 | 84.82 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 38 | 184 | 0 | 0 | --33:56:21 | 32:58:58 | 0.21 | 86.50 | 0.65 | 81.83 | 2.22 | 84.93 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |