The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SAIS-Fold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 49 | 59 | 0 | 0 | --35:58:14 | 34:59:02 | -0.17 | 87.09 | 0.15 | 82.04 | 0.31 | 90.19 | - | - | - | - | server100 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -26 | 118 | 0 | 0 | --27:01:05 | 39:01:34 | -1.71 | 85.32 | -1.01 | 80.91 | -0.95 | 87.81 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -16 | 107 | 0 | 0 | -10:03:25 | 38:51:19 | 3.92 | 85.09 | 3.43 | 80.80 | 2.97 | 88.73 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server121 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 83 | 35 | 0 | 0 | -02:03:11 | 22:41:10 | -2.30 | 83.81 | -1.51 | 79.87 | 0.92 | 90.60 | - | - | - | - | server127 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepSHFold | 107 | 11 | 0 | 0 | -04:14:22 | 62:39:42 | -1.14 | 85.33 | -0.76 | 80.68 | 0.47 | 89.51 | - | - | - | - | server137 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -21 | 112 | 0 | 0 | --39:26:35 | 39:31:40 | 29.47 | 85.09 | 23.69 | 80.81 | 21.51 | 87.69 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -18 | 111 | 0 | 0 | --33:59:51 | 39:55:53 | 11.35 | 85.40 | 9.20 | 80.94 | 16.19 | 87.16 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -27 | 118 | 0 | 0 | --40:30:33 | 39:35:51 | 5.46 | 85.32 | 5.23 | 80.91 | 6.41 | 87.81 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -9 | 103 | 0 | 0 | --40:55:37 | 39:04:51 | 29.80 | 85.13 | 26.76 | 80.81 | 18.40 | 87.46 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server61 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server62 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 118 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server65 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -27 | 118 | 0 | 0 | --1:22:30 | 39:01:34 | 20.39 | 85.32 | 16.58 | 80.91 | 14.69 | 87.81 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -27 | 118 | 0 | 0 | --8:01:49 | 39:01:34 | 19.73 | 85.32 | 16.04 | 80.91 | 13.91 | 87.81 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -20 | 111 | 0 | 0 | --33:24:16 | 38:36:51 | 14.42 | 85.63 | 11.82 | 81.13 | 10.61 | 87.93 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 12 | 88 | 0 | 0 | --38:17:07 | 38:36:48 | 0.15 | 86.28 | 0.57 | 81.59 | 3.72 | 88.58 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |