The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 241 | 64 | 0 | 0 | --68:10:22 | 67:50:11 | -9.69 | 73.15 | -7.14 | 72.13 | -9.39 | 71.41 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 28 | 291 | 0 | 0 | --53:33:29 | 67:18:10 | 1.83 | 74.35 | 1.26 | 72.50 | 2.09 | 67.86 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -55 | 315 | 0 | 0 | --66:12:34 | 67:29:54 | 17.85 | 74.29 | 14.91 | 72.35 | 9.81 | 68.46 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -50 | 313 | 0 | 0 | --58:59:32 | 67:22:09 | 0.45 | 74.18 | 0.35 | 72.31 | 2.08 | 68.32 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -57 | 317 | 0 | 0 | --68:11:24 | 67:54:49 | 10.02 | 74.38 | 9.25 | 72.41 | 5.56 | 68.46 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 134 | 166 | 0 | 0 | --57:47:24 | 68:27:14 | 6.73 | 73.95 | 5.15 | 72.07 | 4.70 | 68.25 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 319 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -15 | 283 | 0 | 0 | --28:42:59 | 68:09:24 | 9.39 | 74.91 | 8.05 | 72.81 | 4.10 | 68.23 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -1 | 268 | 0 | 0 | --67:29:43 | 66:31:01 | 17.90 | 75.18 | 17.25 | 72.89 | 12.41 | 67.62 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -2 | 266 | 0 | 0 | --13:39:42 | 68:00:56 | 7.92 | 74.83 | 6.54 | 72.76 | 2.88 | 68.85 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 78 | 204 | 0 | 0 | --67:31:41 | 69:34:34 | 19.09 | 74.24 | 15.91 | 72.32 | 16.38 | 67.47 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 127 | 163 | 0 | 0 | --66:52:34 | 68:20:28 | 22.70 | 73.77 | 19.18 | 72.00 | 18.34 | 65.78 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 252 | 60 | 0 | 0 | --63:14:12 | 66:06:38 | 22.55 | 69.54 | 19.20 | 69.78 | 12.54 | 67.57 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 240 | 70 | 0 | 0 | --64:16:19 | 67:04:19 | 19.05 | 71.42 | 15.23 | 70.96 | 15.78 | 75.49 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 92 | 190 | 0 | 0 | --65:32:03 | 67:32:55 | 19.65 | 74.10 | 16.24 | 72.32 | 16.42 | 67.97 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 12 | 247 | 0 | 0 | --34:42:37 | 68:32:10 | 7.78 | 74.92 | 6.17 | 72.98 | 2.57 | 68.93 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -19 | 284 | 0 | 0 | --37:32:07 | 68:09:13 | 6.35 | 74.67 | 5.19 | 72.63 | 0.54 | 68.34 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -52 | 316 | 0 | 0 | --26:31:48 | 67:22:36 | -11.68 | 74.39 | -9.08 | 72.45 | -10.41 | 68.98 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -56 | 315 | 0 | 0 | --21:17:13 | 67:23:12 | -11.32 | 74.41 | -8.90 | 72.47 | -10.32 | 68.98 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -27 | 316 | 0 | 0 | --5:14:39 | 67:22:36 | -10.41 | 74.39 | -7.96 | 72.45 | -9.81 | 68.98 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -34 | 297 | 0 | 0 | --64:42:45 | 67:35:35 | 2.85 | 74.37 | 2.57 | 72.38 | 0.06 | 68.50 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 203 | 94 | 0 | 0 | --69:13:58 | 68:47:28 | -6.84 | 73.81 | -4.54 | 72.73 | -9.38 | 70.68 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |