The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 88 | 28 | 0 | 0 | --73:44:16 | 72:16:42 | -6.60 | 76.22 | -4.89 | 74.64 | -6.62 | 77.04 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -22 | 92 | 0 | 0 | -01:52:14 | 74:06:43 | -7.12 | 79.03 | -5.77 | 75.87 | -6.82 | 74.69 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -58 | 128 | 0 | 0 | --41:31:01 | 72:47:59 | 18.83 | 78.53 | 12.54 | 75.52 | 17.28 | 76.93 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 3 | 127 | 0 | 0 | --58:34:15 | 72:38:39 | 4.22 | 78.23 | 3.12 | 75.30 | 4.51 | 75.98 | - | - | - | - | server11 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -55 | 126 | 0 | 0 | --72:32:07 | 73:03:03 | 19.06 | 78.47 | 15.92 | 75.40 | 14.66 | 76.47 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -52 | 126 | 0 | 0 | --59:53:19 | 72:32:44 | 3.47 | 78.11 | 2.63 | 75.20 | 5.59 | 75.98 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -57 | 128 | 0 | 0 | --73:22:33 | 72:42:22 | 10.40 | 78.65 | 9.25 | 75.48 | 8.14 | 76.15 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 47 | 64 | 0 | 0 | --63:18:36 | 74:03:59 | 8.16 | 77.40 | 6.18 | 74.82 | 6.07 | 72.51 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 130 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -50 | 129 | 0 | 0 | --32:16:33 | 72:47:42 | 10.42 | 78.55 | 9.22 | 75.51 | 7.35 | 76.15 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -38 | 116 | 0 | 0 | --73:11:46 | 72:48:38 | 18.32 | 78.87 | 17.41 | 75.58 | 14.28 | 76.16 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -48 | 123 | 0 | 0 | --20:35:36 | 72:23:40 | 8.96 | 78.32 | 7.58 | 75.31 | 6.54 | 75.79 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 1 | 92 | 0 | 0 | --72:14:23 | 74:46:10 | 20.72 | 78.57 | 17.15 | 75.37 | 19.69 | 74.81 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 35 | 66 | 0 | 0 | --73:53:39 | 75:07:05 | 22.82 | 78.77 | 19.05 | 75.47 | 24.97 | 74.92 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 99 | 24 | 0 | 0 | --71:43:33 | 73:24:40 | 16.90 | 74.87 | 15.54 | 73.54 | 6.52 | 69.91 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 87 | 34 | 0 | 0 | --68:39:23 | 70:33:29 | 15.66 | 75.75 | 12.83 | 74.25 | 19.08 | 80.74 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 6 | 87 | 0 | 0 | --70:34:47 | 72:21:15 | 19.35 | 78.45 | 16.20 | 75.46 | 20.73 | 76.80 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -59 | 129 | 0 | 0 | --44:42:51 | 72:47:42 | 8.97 | 78.55 | 7.17 | 75.51 | 5.43 | 76.15 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -53 | 129 | 0 | 0 | --48:32:28 | 72:47:49 | 8.71 | 78.54 | 6.78 | 75.47 | 6.10 | 76.15 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -55 | 130 | 0 | 0 | --42:21:52 | 72:53:08 | -7.79 | 78.39 | -6.17 | 75.39 | -7.73 | 76.15 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -60 | 130 | 0 | 0 | --39:02:17 | 72:53:08 | -7.26 | 78.39 | -5.94 | 75.39 | -7.48 | 76.15 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -30 | 130 | 0 | 0 | --10:37:32 | 72:53:08 | -7.05 | 78.39 | -5.49 | 75.39 | -7.19 | 76.15 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -48 | 122 | 0 | 0 | --69:48:38 | 72:18:05 | 3.72 | 78.09 | 3.37 | 75.12 | 0.09 | 76.07 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 66 | 42 | 0 | 0 | --75:38:59 | 74:23:54 | -5.10 | 77.61 | -3.28 | 75.55 | -8.06 | 78.80 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |