The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 135 | 278 | 0 | 0 | -00:00:58 | 00:07:59 | 0.29 | 82.56 | 0.11 | 78.78 | 0.00 | 81.09 | - | - | - | - | server100 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 314 | 31 | 0 | 0 | -70:38:34 | 00:03:36 | 4.74 | 82.74 | 2.71 | 79.14 | 9.52 | 86.82 | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 274 | 48 | 0 | 0 | -75:07:09 | 00:02:19 | -4.62 | 81.10 | -4.93 | 76.76 | 2.59 | 88.32 | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 315 | 31 | 0 | 0 | -21:46:18 | 00:03:36 | 7.74 | 82.74 | 5.44 | 79.14 | 7.58 | 86.82 | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -278 | 386 | 0 | 0 | -01:35:52 | 00:07:16 | 26.56 | 81.59 | 21.77 | 77.99 | 18.98 | 80.45 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -218 | 346 | 0 | 0 | -14:29:51 | 00:07:13 | 7.44 | 81.73 | 5.70 | 78.11 | 11.59 | 80.14 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -307 | 407 | 0 | 0 | --1:57:42 | 00:07:36 | 19.70 | 82.22 | 16.82 | 78.38 | 13.50 | 80.63 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 351 | 16 | 0 | 0 | -11:58:14 | 00:04:14 | 11.37 | 76.53 | 6.22 | 74.37 | 15.76 | 84.40 | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 413 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -299 | 407 | 0 | 0 | -47:18:59 | 00:07:42 | 18.24 | 81.82 | 14.87 | 78.14 | 13.54 | 80.57 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -201 | 345 | 0 | 0 | --1:52:59 | 00:07:30 | 27.06 | 83.07 | 24.52 | 78.89 | 18.96 | 79.77 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -264 | 375 | 0 | 0 | -58:10:55 | 00:07:28 | 16.55 | 81.81 | 13.34 | 78.13 | 12.94 | 81.35 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -109 | 292 | 0 | 0 | -03:09:01 | 00:07:27 | 29.28 | 82.18 | 24.37 | 78.39 | 21.94 | 81.17 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -21 | 246 | 0 | 0 | -03:05:42 | 00:08:02 | 33.68 | 82.49 | 27.94 | 78.47 | 22.82 | 78.63 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 275 | 83 | 0 | 0 | -03:17:17 | 00:08:14 | 30.63 | 78.69 | 26.33 | 76.89 | 11.33 | 80.33 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 238 | 106 | 0 | 0 | -03:14:49 | 00:07:39 | 27.87 | 77.61 | 22.91 | 75.76 | 24.12 | 77.19 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -97 | 288 | 0 | 0 | -03:13:14 | 00:07:30 | 29.85 | 82.13 | 24.76 | 78.36 | 21.01 | 80.08 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -238 | 382 | 0 | 0 | -33:10:57 | 00:08:11 | 16.22 | 81.76 | 12.84 | 78.14 | 12.08 | 80.43 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -266 | 383 | 0 | 0 | -26:39:38 | 00:07:44 | 15.34 | 81.66 | 12.39 | 78.04 | 11.24 | 80.34 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -240 | 365 | 0 | 0 | -04:37:18 | 00:07:15 | 11.02 | 81.44 | 8.89 | 77.92 | 8.95 | 80.98 | - | - | - | - | server999 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |