The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 12 | 1 | 0 | 0 | --3:33:30 | 02:26:50 | -65.16 | 22.10 | -47.35 | 33.63 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -1 | 6 | 0 | 0 | -73:23:13 | 03:15:04 | -55.80 | 31.36 | -42.66 | 39.35 | -36.66 | 42.07 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -1 | 6 | 0 | 0 | -38:12:15 | 03:15:04 | -22.05 | 31.36 | -15.87 | 39.35 | 15.98 | 42.07 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -1 | 6 | 0 | 0 | -45:40:15 | 03:15:04 | -54.46 | 31.36 | -41.92 | 39.35 | -35.54 | 42.07 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -1 | 6 | 0 | 0 | -75:09:34 | 03:15:04 | -53.31 | 31.36 | -41.93 | 39.35 | -36.22 | 42.07 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 3 | 5 | 0 | 0 | -35:20:06 | 02:46:13 | -31.73 | 34.04 | -21.77 | 43.45 | -66.91 | 27.89 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -1 | 6 | 0 | 0 | -69:48:07 | 03:15:04 | -53.92 | 31.36 | -41.76 | 39.35 | -36.26 | 42.07 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -1 | 6 | 0 | 0 | -76:33:41 | 03:15:04 | -45.41 | 31.36 | -32.98 | 39.35 | -22.14 | 42.07 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -1 | 6 | 0 | 0 | -44:43:55 | 03:15:04 | -55.20 | 31.36 | -41.91 | 39.35 | -35.37 | 42.07 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -1 | 6 | 0 | 0 | -24:05:34 | 03:15:04 | -54.96 | 31.36 | -41.81 | 39.35 | -36.84 | 42.07 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -1 | 6 | 0 | 0 | -55:38:58 | 03:15:04 | -53.63 | 31.36 | -41.14 | 39.35 | -36.03 | 42.07 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -1 | 6 | 0 | 0 | -21:46:33 | 03:15:04 | -54.49 | 31.36 | -41.60 | 39.35 | -35.27 | 42.07 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 0 | 5 | 0 | 0 | --3:34:01 | 03:28:12 | -8.86 | 29.94 | -8.29 | 37.38 | 1.87 | 42.07 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 3 | 5 | 0 | 0 | -53:07:58 | 02:47:57 | -40.76 | 33.21 | -31.44 | 40.50 | -20.90 | 42.07 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 0 | 6 | 0 | 0 | --4:54:50 | 03:10:22 | -14.12 | 31.36 | -8.97 | 39.35 | -3.99 | 42.07 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -1 | 6 | 0 | 0 | -39:16:08 | 03:15:04 | -21.29 | 31.36 | -15.31 | 39.35 | -29.55 | 42.07 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 2 | 4 | 0 | 0 | --4:45:56 | 03:14:23 | 14.04 | 37.57 | 16.90 | 43.16 | 4.26 | 42.07 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -1 | 6 | 0 | 0 | -58:38:03 | 03:15:04 | -22.84 | 31.36 | -17.09 | 39.35 | -33.62 | 42.07 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 1 | 5 | 0 | 0 | -00:14:15 | 03:09:09 | 0.00 | 31.17 | 0.00 | 38.85 | 0.00 | 56.25 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 3 | 5 | 0 | 0 | -00:22:34 | 02:56:48 | 0.71 | 31.17 | -1.03 | 38.85 | 2.55 | 56.25 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 12 | 0 | 0 | 0 | --1:30:21 | 02:30:50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 12 | 1 | 0 | 0 | -00:34:26 | 02:45:44 | 1.10 | 22.10 | 1.49 | 33.63 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -1 | 6 | 0 | 0 | -26:05:49 | 03:15:04 | -25.18 | 31.36 | -17.81 | 39.35 | -34.81 | 42.07 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 1 | 6 | 0 | 0 | -22:49:22 | 03:06:21 | -27.23 | 31.36 | -18.20 | 39.35 | -35.58 | 42.07 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -1 | 6 | 0 | 0 | -11:44:41 | 03:15:04 | -54.66 | 31.36 | -42.03 | 39.35 | -36.97 | 42.07 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -1 | 6 | 0 | 0 | -10:26:19 | 03:15:04 | -54.60 | 31.36 | -42.15 | 39.35 | -37.15 | 42.07 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 14 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 0 | 6 | 0 | 0 | -01:22:57 | 03:15:04 | -29.73 | 31.36 | -21.66 | 39.35 | -12.40 | 42.07 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 7 | 1 | 0 | 0 | --4:14:32 | 03:45:50 | -65.18 | 22.10 | -47.31 | 33.63 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |