The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 11 | 2 | 0 | 0 | --3:54:47 | 02:05:33 | -45.05 | 25.33 | -36.72 | 31.50 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 13 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -2 | 13 | 0 | 0 | -73:16:01 | 03:23:24 | -36.97 | 45.85 | -30.58 | 49.06 | -32.96 | 30.55 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -2 | 13 | 0 | 0 | -38:05:02 | 03:23:24 | -10.47 | 45.85 | -10.44 | 49.06 | 9.39 | 30.55 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -2 | 13 | 0 | 0 | -45:33:03 | 03:23:24 | -35.66 | 45.85 | -30.05 | 49.06 | -10.90 | 30.55 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -2 | 13 | 0 | 0 | -75:02:03 | 03:23:24 | -35.05 | 45.85 | -30.29 | 49.06 | -23.65 | 30.55 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 2 | 10 | 0 | 0 | -35:10:35 | 02:38:02 | -21.30 | 46.81 | -16.73 | 50.34 | - | - | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 13 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -2 | 13 | 0 | 0 | -69:42:23 | 03:23:24 | -35.57 | 45.85 | -30.14 | 49.06 | -23.13 | 30.55 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -2 | 13 | 0 | 0 | -76:26:27 | 03:23:24 | -25.72 | 45.85 | -22.06 | 49.06 | -15.65 | 30.55 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -2 | 13 | 0 | 0 | -44:36:40 | 03:23:24 | -37.45 | 45.85 | -31.13 | 49.06 | 0.58 | 30.55 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -2 | 13 | 0 | 0 | -24:06:59 | 03:23:24 | -34.64 | 45.85 | -29.19 | 49.06 | -0.59 | 30.55 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -2 | 13 | 0 | 0 | -55:25:12 | 03:23:24 | -34.24 | 45.85 | -28.88 | 49.06 | -3.62 | 30.55 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -2 | 13 | 0 | 0 | -21:38:11 | 03:23:24 | -35.83 | 45.85 | -29.81 | 49.06 | -19.38 | 30.55 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -1 | 12 | 0 | 0 | --3:21:16 | 03:38:23 | -5.74 | 46.46 | -6.93 | 49.05 | 5.92 | 30.55 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 2 | 10 | 0 | 0 | -51:06:08 | 02:47:31 | -26.24 | 46.27 | -22.54 | 49.18 | 2.28 | 56.25 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -1 | 12 | 0 | 0 | --4:46:43 | 03:18:32 | -14.00 | 46.91 | -12.25 | 49.82 | 29.80 | 30.55 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 13 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 13 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -2 | 13 | 0 | 0 | -38:31:43 | 03:23:24 | -15.16 | 45.85 | -13.94 | 49.06 | 3.27 | 30.55 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 1 | 10 | 0 | 0 | --4:44:43 | 03:15:37 | -2.24 | 48.24 | -1.13 | 50.04 | -0.32 | 30.55 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -2 | 13 | 0 | 0 | -57:26:46 | 03:23:24 | -17.94 | 45.85 | -15.97 | 49.06 | -3.48 | 30.55 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 2 | 11 | 0 | 0 | -00:13:40 | 03:05:42 | 0.45 | 40.40 | -0.27 | 45.41 | -11.04 | 30.55 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 11 | 1 | 0 | 0 | -01:42:39 | 00:18:32 | 2.11 | 39.89 | 0.86 | 51.14 | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 11 | 2 | 0 | 0 | -01:55:33 | 01:24:37 | 1.60 | 31.00 | 1.17 | 42.39 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -1 | 13 | 0 | 0 | --1:45:45 | 03:23:24 | 0.00 | 45.85 | 0.00 | 49.06 | 0.00 | 30.55 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -2 | 13 | 0 | 0 | -25:47:47 | 03:23:24 | -18.91 | 45.85 | -15.95 | 49.06 | -6.84 | 30.55 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 0 | 11 | 0 | 0 | -22:40:41 | 03:12:53 | -22.32 | 40.39 | -16.87 | 45.55 | -18.79 | 30.55 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -2 | 13 | 0 | 0 | -12:36:33 | 03:23:24 | -36.25 | 45.85 | -30.50 | 49.06 | -26.34 | 30.55 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -2 | 13 | 0 | 0 | -11:10:43 | 03:23:24 | -33.87 | 45.85 | -29.23 | 49.06 | -0.41 | 30.55 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 13 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -1 | 13 | 0 | 0 | -00:20:00 | 03:23:24 | -25.12 | 45.85 | -20.25 | 49.06 | -2.81 | 30.55 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 6 | 6 | 0 | 0 | --5:45:57 | 04:14:25 | -15.67 | 59.19 | -12.36 | 57.41 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |