The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 13 | 1 | 0 | 0 | --27:13:29 | 26:46:51 | 3.03 | 90.29 | 3.14 | 84.12 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 6 | 0 | 0 | -49:27:42 | 27:10:25 | -0.84 | 86.32 | -0.84 | 81.17 | 0.19 | 78.91 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 6 | 0 | 0 | -14:16:48 | 27:10:25 | 32.91 | 86.32 | 25.94 | 81.17 | 52.83 | 78.91 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 6 | 0 | 0 | -21:44:47 | 27:10:25 | 0.51 | 86.32 | -0.11 | 81.17 | 1.31 | 78.91 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 6 | 0 | 0 | -51:14:25 | 27:10:25 | 1.65 | 86.32 | -0.11 | 81.17 | 0.62 | 78.91 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 5 | 0 | 0 | -11:15:52 | 26:50:27 | 20.50 | 86.27 | 15.76 | 80.98 | 0.74 | 95.54 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 0 | 6 | 0 | 0 | -45:51:19 | 27:10:25 | 1.04 | 86.32 | 0.05 | 81.17 | 0.59 | 78.91 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -52:38:12 | 27:10:25 | 9.55 | 86.32 | 8.83 | 81.17 | 14.70 | 78.91 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 6 | 0 | 0 | -20:48:29 | 27:10:25 | -0.23 | 86.32 | -0.10 | 81.17 | 1.48 | 78.91 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -31:43:31 | 27:10:25 | 1.34 | 86.32 | 0.67 | 81.17 | 0.81 | 78.91 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 0 | 6 | 0 | 0 | --3:51:11 | 27:10:25 | 0.47 | 86.32 | 0.22 | 81.17 | 1.57 | 78.91 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 5 | 0 | 0 | --27:44:49 | 27:17:52 | 47.55 | 86.34 | 35.70 | 81.37 | 38.71 | 78.91 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 5 | 0 | 0 | -28:17:48 | 27:38:07 | 11.56 | 85.53 | 8.63 | 80.57 | 15.94 | 78.91 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 6 | 0 | 0 | --28:19:02 | 27:46:07 | 40.85 | 86.32 | 32.84 | 81.17 | 32.85 | 78.91 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | -15:41:39 | 27:10:25 | 33.67 | 86.32 | 26.50 | 81.17 | 7.29 | 78.91 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 4 | 0 | 0 | --28:56:14 | 27:04:06 | 62.89 | 86.42 | 55.18 | 81.44 | 41.11 | 78.91 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | -35:40:17 | 27:10:25 | 32.13 | 86.32 | 24.73 | 81.17 | 3.22 | 78.91 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 2 | 5 | 0 | 0 | --25:53:01 | 27:30:23 | 54.30 | 85.48 | 41.67 | 80.53 | 6.04 | 62.28 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 4 | 5 | 0 | 0 | --25:52:17 | 27:27:05 | 55.01 | 85.48 | 40.64 | 80.53 | 8.59 | 62.28 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 13 | 0 | 0 | 0 | --21:04:44 | 25:20:07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 1 | 0 | 0 | --22:02:22 | 25:17:48 | 69.29 | 90.29 | 51.98 | 84.12 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 1 | 6 | 0 | 0 | --25:54:26 | 27:20:38 | 54.96 | 86.32 | 41.81 | 81.17 | 36.84 | 78.91 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | -02:44:57 | 27:10:25 | 29.78 | 86.32 | 24.01 | 81.17 | 2.03 | 78.91 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 6 | 0 | 0 | --1:16:47 | 27:12:29 | 27.74 | 86.32 | 23.61 | 81.17 | 1.27 | 78.91 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 6 | 0 | 0 | --13:14:40 | 27:10:25 | 0.31 | 86.32 | -0.22 | 81.17 | -0.12 | 78.91 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 6 | 0 | 0 | --13:18:51 | 27:10:25 | 0.36 | 86.32 | -0.34 | 81.17 | -0.30 | 78.91 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 6 | 0 | 0 | --23:17:23 | 27:20:38 | 25.24 | 86.32 | 20.15 | 81.17 | 24.45 | 78.91 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 8 | 1 | 0 | 0 | --28:50:22 | 27:09:59 | 3.01 | 90.29 | 3.19 | 84.12 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |