The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 30 | 11 | 0 | 0 | --69:09:26 | 68:51:41 | 7.54 | 88.89 | 6.79 | 83.02 | -1.77 | 88.81 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 44 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -16 | 44 | 0 | 0 | -10:27:28 | 60:44:50 | -1.08 | 85.71 | -0.77 | 81.74 | -4.55 | 80.56 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -16 | 44 | 0 | 0 | --34:04:40 | 60:44:50 | 25.44 | 85.71 | 19.02 | 81.74 | 26.32 | 80.56 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -16 | 44 | 0 | 0 | -03:59:29 | 60:44:50 | 2.26 | 85.71 | 1.57 | 81.74 | 1.41 | 80.56 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -16 | 44 | 0 | 0 | -16:22:51 | 60:44:50 | -1.04 | 85.71 | -1.03 | 81.74 | -3.90 | 80.56 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -11 | 39 | 0 | 0 | --37:07:22 | 63:37:25 | 3.53 | 86.44 | 3.09 | 82.15 | -0.30 | 88.32 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 44 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -14 | 43 | 0 | 0 | -14:51:55 | 60:18:20 | -1.06 | 85.56 | -0.77 | 81.64 | -2.85 | 79.97 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -1 | 29 | 0 | 0 | -29:11:05 | 50:53:02 | 12.54 | 84.42 | 10.26 | 81.25 | 9.23 | 72.40 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -16 | 44 | 0 | 0 | -03:06:41 | 60:44:50 | -0.50 | 85.71 | -0.65 | 81.74 | 1.87 | 80.56 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -15 | 43 | 0 | 0 | --61:51:41 | 61:34:06 | 31.71 | 85.70 | 26.62 | 81.78 | 24.66 | 80.56 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -12 | 40 | 0 | 0 | --48:13:31 | 64:13:54 | 11.75 | 86.40 | 9.04 | 82.11 | 20.76 | 86.76 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -15 | 43 | 0 | 0 | --62:08:44 | 61:56:44 | 22.59 | 85.72 | 19.58 | 81.79 | 24.57 | 80.56 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 25 | 9 | 0 | 0 | --69:24:22 | 76:20:16 | 19.12 | 85.60 | 13.86 | 82.79 | -0.44 | 75.66 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 44 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -7 | 35 | 0 | 0 | --15:15:36 | 56:17:44 | 22.51 | 85.28 | 18.17 | 81.60 | 17.94 | 77.09 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -8 | 39 | 0 | 0 | --63:29:17 | 62:31:02 | 33.81 | 85.94 | 31.04 | 81.92 | 30.63 | 80.56 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -11 | 40 | 0 | 0 | --5:50:46 | 59:00:01 | 18.59 | 85.31 | 14.94 | 81.58 | 17.82 | 80.56 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 7 | 37 | 0 | 0 | --58:40:29 | 60:23:12 | 36.35 | 84.92 | 29.80 | 81.26 | 35.77 | 76.49 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 15 | 29 | 0 | 0 | --56:00:46 | 59:04:42 | 41.84 | 83.17 | 34.04 | 79.82 | 39.63 | 75.25 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 37 | 7 | 0 | 0 | --60:01:22 | 63:21:32 | 34.66 | 76.39 | 28.96 | 76.17 | 17.25 | 99.75 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 35 | 9 | 0 | 0 | --63:16:58 | 66:12:49 | 37.44 | 80.60 | 30.54 | 78.61 | 58.47 | 93.35 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 7 | 37 | 0 | 0 | --56:12:31 | 58:49:48 | 37.96 | 84.68 | 31.06 | 80.87 | 36.71 | 80.01 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -16 | 44 | 0 | 0 | --31:10:58 | 60:44:50 | 18.23 | 85.71 | 14.94 | 81.74 | 14.38 | 80.56 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -10 | 38 | 0 | 0 | --35:45:55 | 60:46:50 | 18.71 | 85.29 | 15.82 | 81.49 | 14.80 | 79.23 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -11 | 39 | 0 | 0 | --40:01:44 | 58:17:02 | -1.23 | 85.56 | -0.90 | 81.76 | -4.91 | 78.14 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -16 | 44 | 0 | 0 | --36:26:07 | 60:44:50 | -0.40 | 85.71 | -0.47 | 81.74 | 0.47 | 80.56 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 14 | 14 | 0 | 0 | --12:52:20 | 76:17:16 | 0.76 | 87.16 | 0.17 | 83.48 | -1.22 | 84.27 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -12 | 42 | 0 | 0 | --57:05:25 | 61:14:04 | 14.64 | 85.61 | 12.01 | 81.70 | 11.85 | 80.94 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 22 | 18 | 0 | 0 | --59:49:56 | 58:10:25 | 10.53 | 88.62 | 10.50 | 83.49 | -1.40 | 88.81 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |