The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 13 | 1 | 0 | 0 | --80:25:16 | 79:35:04 | -14.54 | 72.72 | -17.19 | 63.79 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 6 | 0 | 0 | --4:49:30 | 79:48:37 | -10.39 | 76.77 | -9.67 | 72.33 | -14.51 | 64.21 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 6 | 0 | 0 | --39:38:36 | 79:48:37 | 23.36 | 76.77 | 17.11 | 72.33 | 38.12 | 64.21 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 6 | 0 | 0 | --31:06:35 | 79:48:37 | -9.04 | 76.77 | -8.94 | 72.33 | -13.39 | 64.21 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 6 | 0 | 0 | --2:36:13 | 79:48:37 | -7.90 | 76.77 | -8.94 | 72.33 | -14.08 | 64.21 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 5 | 0 | 0 | --42:19:20 | 79:46:59 | 9.15 | 74.91 | 5.27 | 70.49 | -27.43 | 67.37 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 0 | 6 | 0 | 0 | --7:13:07 | 79:48:37 | -8.51 | 76.77 | -8.78 | 72.33 | -14.12 | 64.21 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 6 | 0 | 0 | --32:10:17 | 79:48:37 | -9.78 | 76.77 | -8.93 | 72.33 | -13.22 | 64.21 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 0 | 6 | 0 | 0 | --53:21:48 | 79:48:37 | -9.55 | 76.77 | -8.83 | 72.33 | -14.70 | 64.21 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 0 | 6 | 0 | 0 | --21:05:19 | 79:48:37 | -8.22 | 76.77 | -8.16 | 72.33 | -13.89 | 64.21 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 0 | 6 | 0 | 0 | --55:12:59 | 79:48:37 | -9.08 | 76.77 | -8.61 | 72.33 | -13.13 | 64.21 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 5 | 0 | 0 | --79:14:57 | 79:47:44 | 37.04 | 75.83 | 25.55 | 71.22 | 24.01 | 64.21 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 5 | 0 | 0 | --24:05:43 | 79:50:12 | 3.61 | 77.58 | 2.10 | 74.04 | 1.24 | 64.21 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 6 | 0 | 0 | --80:17:23 | 79:47:46 | 31.30 | 76.77 | 24.01 | 72.33 | 18.15 | 64.21 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --37:03:27 | 79:48:37 | 24.12 | 76.77 | 17.67 | 72.33 | -7.41 | 64.21 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 4 | 0 | 0 | --80:10:33 | 79:49:47 | 52.31 | 75.84 | 46.43 | 72.68 | 26.40 | 64.21 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --17:02:05 | 79:48:37 | 22.57 | 76.77 | 15.89 | 72.33 | -11.48 | 64.21 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 2 | 5 | 0 | 0 | --77:33:33 | 79:49:51 | 46.90 | 78.07 | 35.21 | 74.07 | 4.81 | 61.06 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 4 | 5 | 0 | 0 | --77:29:42 | 79:49:40 | 47.61 | 78.07 | 34.18 | 74.07 | 7.36 | 61.06 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 13 | 0 | 0 | 0 | --76:33:02 | 79:51:49 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 1 | 0 | 0 | --77:32:42 | 79:47:28 | 51.72 | 72.72 | 31.64 | 63.79 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 1 | 6 | 0 | 0 | --77:26:19 | 79:48:45 | 45.41 | 76.77 | 32.98 | 72.33 | 22.14 | 64.21 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --50:06:45 | 79:48:37 | 20.23 | 76.77 | 15.18 | 72.33 | -12.67 | 64.21 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 6 | 0 | 0 | --54:41:06 | 79:48:10 | 18.19 | 76.77 | 14.78 | 72.33 | -13.44 | 64.21 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 6 | 0 | 0 | --66:36:28 | 79:48:37 | -9.24 | 76.77 | -9.05 | 72.33 | -14.83 | 64.21 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 6 | 0 | 0 | --66:40:39 | 79:48:37 | -9.19 | 76.77 | -9.17 | 72.33 | -15.01 | 64.21 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 6 | 0 | 0 | --76:49:16 | 79:48:45 | 15.68 | 76.77 | 11.32 | 72.33 | 9.75 | 64.21 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 8 | 1 | 0 | 0 | --80:12:49 | 79:47:32 | -14.56 | 72.72 | -17.15 | 63.79 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |